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hf9876木蟲 (正式寫手)
久
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[求助]
AMBER對(duì)底物小分子的RMSD計(jì)算
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剛開始接觸AMBER,算一個(gè)酶和底物的相互作用，MD做完后明顯看出小分子位置變化的。 計(jì)算主鏈的RMSD時(shí)，用的是 rms first out 111.rmsd @CA,C,N time 1.0 得到的RMSD序列大概在2點(diǎn)多左右 計(jì)算底物小分子的RMSD時(shí)，用的是（底物序號(hào)是200） rms first out 222.rmsd :200 time 1.0 這樣得到的RMSD在0.2,0.3左右,明顯是不對(duì)的。 用VMD,選了最開始和最后面的兩個(gè)構(gòu)像，在align了主鏈以后， 計(jì)算這兩個(gè)結(jié)構(gòu)主鏈的RMSD,和AMBER的結(jié)果是相符的，在2點(diǎn)多。 計(jì)算底物的RMSD,值是40多。。。 我覺得AMBER做的話應(yīng)該也得到40多的值才對(duì)吧，但是應(yīng)該怎樣設(shè)定呢？ |
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