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jamesxue新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
求救Rosetta dock!!!小弟銀兩有限，跪謝��！
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各位蟲(chóng)友！ 我在Rosetta上提交ligand-reception.pdb, 官網(wǎng)提示：Not enough chains in submitted protein! [At least two chains should be present] Invalid docking partners string, must be list of chains in correct order, without repetion separated by underscore! 請(qǐng)問(wèn)用Surflexdock怎么解決這個(gè)問(wèn)題 ��？？如何把結(jié)合上的配體也命名成一條 鏈��？？萬(wàn)分感謝各位了�。�！ 官網(wǎng)tutorial說(shuō)了這么幾句話(huà)，費(fèi)解啊： 1、when creating a combined single input file with both partners, place a TER linebetween the two paners. RosettaDock is that protein backbone 2、conformations typically do not change much upon association. This holds for many proteins, but not all. If you believe that the backbone of one of your partners is flexible, you should be cautious with the results. docking of a short, flexible peptide (~10 residues) is not likely to work, since a peptide lacks the tertiary interactions which stabilize full-size domains (75-250 residues). 看了半天也不知在pdb哪里加TER，而且配 體恰好就是7個(gè)aa，會(huì)不會(huì)backbone conformation改變��？實(shí)在抱歉各位大 俠，不是學(xué)藥化的傷不起�。�！ [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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jamesxue
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前輩，請(qǐng)看下圖~�。�！ pic.jpg(10.91KB) http://kuai.xunlei.com/d/LnU4Dd8FABjtUAQA8ab?p=130497 我對(duì)接的多肽配體雖然改成了B鏈，卻怎么也連不起來(lái)！如圖： pic2.jpg(14.23KB) http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DeIFUhjtUAQAf7a?p=130497 不知怎么解決  ？！真心求教版主前輩，如果可以希望能Q上指教~如果不方便回帖或郵箱也行，真心感謝前輩~~！ |
9樓2013-01-09 15:15:54
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jamesxue: 金幣+4, ★★★★★最佳答案, 太給力了�。�！ 2013-01-07 15:55:05
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jamesxue: 金幣+4, ★★★★★最佳答案, 太給力了�。�！ 2013-01-07 15:55:05
| rosetta dock是做蛋白-蛋白對(duì)接的~rosetta 3.4里有單獨(dú)的rosettaligand, 這個(gè)模塊才是做蛋白-小分子對(duì)接的啊~你的7個(gè)aa的配體貌似是個(gè)多肽，好像Rosetta里還有個(gè)flexpep的對(duì)接模塊，那個(gè)才是最適合你的吧~ |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
2樓2013-01-07 08:06:25
jamesxue
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謝謝！敢問(wèn)下前輩：我用的是Rosetta 網(wǎng)頁(yè)版，http://rosettaserver.graylab.jhu.edu/docking/submit是不是必須裝Rosetta才能進(jìn)Rosetta flexpep模塊？謝謝前輩~！��！ |
3樓2013-01-07 15:54:41
4樓2013-01-08 08:11:18
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