 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1393 | 回復(fù): 8 | |||
jamesxue新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
求救Rosetta dock!!!小弟銀兩有限，跪謝�。�
|
|
各位蟲友！ 我在Rosetta上提交ligand-reception.pdb, 官網(wǎng)提示：Not enough chains in submitted protein! [At least two chains should be present] Invalid docking partners string, must be list of chains in correct order, without repetion separated by underscore! 請(qǐng)問用Surflexdock怎么解決這個(gè)問題 啊？？如何把結(jié)合上的配體也命名成一條 鏈啊？？萬分感謝各位了�。�！ 官網(wǎng)tutorial說了這么幾句話，費(fèi)解�。� 1、when creating a combined single input file with both partners, place a TER linebetween the two paners. RosettaDock is that protein backbone 2、conformations typically do not change much upon association. This holds for many proteins, but not all. If you believe that the backbone of one of your partners is flexible, you should be cautious with the results. docking of a short, flexible peptide (~10 residues) is not likely to work, since a peptide lacks the tertiary interactions which stabilize full-size domains (75-250 residues). 看了半天也不知在pdb哪里加TER，而且配 體恰好就是7個(gè)aa，會(huì)不會(huì)backbone conformation改變��？實(shí)在抱歉各位大 俠，不是學(xué)藥化的傷不起�。。� [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 酶的資料 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
» 猜你喜歡
0856，材料與化工321分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
0703化學(xué)求調(diào)劑，各位老師看看我！�。�
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
266分，求材料冶金能源化工等調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
張芳銘-中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)-環(huán)境工程專碩-298
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
070300化學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
086000調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
320分，材料與化工專業(yè)，求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
265求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
295材料工程專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
高溫高壓反應(yīng)求助
已經(jīng)有4人回復(fù)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jamesxue: 金幣+4, ★★★★★最佳答案, 太給力了�。。� 2013-01-07 15:55:05
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jamesxue: 金幣+4, ★★★★★最佳答案, 太給力了�。。� 2013-01-07 15:55:05
| rosetta dock是做蛋白-蛋白對(duì)接的~rosetta 3.4里有單獨(dú)的rosettaligand, 這個(gè)模塊才是做蛋白-小分子對(duì)接的啊~你的7個(gè)aa的配體貌似是個(gè)多肽，好像Rosetta里還有個(gè)flexpep的對(duì)接模塊，那個(gè)才是最適合你的吧~ |
2樓2013-01-07 08:06:25
jamesxue
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 401.4
- 帖子: 22
- 在線: 10.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 2163450
- 注冊(cè): 2012-12-03
- 專業(yè): 白血病
送鮮花一朵 |
謝謝！敢問下前輩：我用的是Rosetta 網(wǎng)頁版，http://rosettaserver.graylab.jhu.edu/docking/submit是不是必須裝Rosetta才能進(jìn)Rosetta flexpep模塊？謝謝前輩~�。�！ |
3樓2013-01-07 15:54:41
4樓2013-01-08 08:11:18
jamesxue
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 401.4
- 帖子: 22
- 在線: 10.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 2163450
- 注冊(cè): 2012-12-03
- 專業(yè): 白血病
5樓2013-01-09 00:29:57
jamesxue
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 401.4
- 帖子: 22
- 在線: 10.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 2163450
- 注冊(cè): 2012-12-03
- 專業(yè): 白血病
6樓2013-01-09 00:30:41
7樓2013-01-09 08:37:03
jamesxue
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 401.4
- 帖子: 22
- 在線: 10.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 2163450
- 注冊(cè): 2012-12-03
- 專業(yè): 白血病
~~~~或者前輩不方便加我也行~~~693324738，小弟謝過前輩�。�！ 8樓2013-01-09 10:01:06
jamesxue
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 401.4
- 帖子: 22
- 在線: 10.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 2163450
- 注冊(cè): 2012-12-03
- 專業(yè): 白血病
送鮮花一朵 |
前輩，請(qǐng)看下圖~�。�！ pic.jpg(10.91KB) http://kuai.xunlei.com/d/LnU4Dd8FABjtUAQA8ab?p=130497 我對(duì)接的多肽配體雖然改成了B鏈，卻怎么也連不起來！如圖： pic2.jpg(14.23KB) http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DeIFUhjtUAQAf7a?p=130497 不知怎么解決  ？！真心求教版主前輩，如果可以希望能Q上指教~如果不方便回帖或郵箱也行，真心感謝前輩~~！ |
9樓2013-01-09 15:15:54
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 jamesxue 的主題更新
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 食品工程專碩一志愿中海洋309求調(diào)劑 +3 | 小張zxy張 2026-03-26 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研]
 一志愿 西北大學(xué) 總分282 英語一62 求調(diào)劑
+7
|
18419759900 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑（080500） +4 | A child 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +4 | 我真的很想學(xué)習(xí) 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +7 | lin0039 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿華東理工大學(xué)081700，初試分?jǐn)?shù)271 +6 | kotoko_ik 2026-03-23 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 298調(diào)劑 +3 | jiyingjie123 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +4 | lim0922 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +8 | hanamiko 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 336材料求調(diào)劑 +7 | 陳瀅瑩 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +3 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 352求調(diào)劑 +4 | 大米飯！ 2026-03-22 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料277求調(diào)劑 +5 | min3 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +6 | 來好運(yùn)來來來 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 【2026考研調(diào)劑】制藥工程 284分 求相關(guān)專業(yè)調(diào)劑名額 +4 | 袁奐奐 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料與化工303分求調(diào)劑 +4 | 為學(xué)666 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +3 | desto 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 280分求調(diào)劑 一志愿085802 +4 | PUMPT 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 一志愿東華大學(xué)控制學(xué)碩320求調(diào)劑
+3
|
Grand777 2026-03-21 | 3/150 |
|