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ONIOM電荷設(shè)置問題
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最近我在計算分子內(nèi)電荷轉(zhuǎn)移的問題，想利用高斯的layer來計算，準備把一個分子分成三部分，這三部分都是QM的計算。 但是我看說明書一直沒明白其中的一些概念。最主要的是不知道怎么填寫電荷和自旋的那一欄。 說明書中是這么說的： Values and defaults for three-layer ONIOM calculations follow an analogous pattern (in the subscripts below, the first character is one of: Real, Int=Intermediate system, and Mod=Model system, and the second character is one of: H, M and L for the High, Medium and Low levels): cRealL sRealL [cIntM sIntM [cIntL sIntL [cModH sModH [cModM sModM [cModL sModL]]]]] 我能明白的就是這里的real system只的就是我們模擬的整個的體系，但是不明白那個Intermediate system 和Model system指的是什么，在網(wǎng)上搜了也沒找見，看文章的話估計得話很多時間才能明白，各位同仁能不能指點下呢？ 下面是我做的一個分子，分成三層，我想設(shè)置的是Low這層帶一個負電荷，M層帶一個正電荷，H層不帶電荷，總體也是不帶電荷的。大家覺得我應(yīng)該怎么設(shè)置呢？ %nprocshared=4 %chk=E:\cooperation\cnn\SYS-after.chk # oniom(b3lyp/6-31g(d):b3lyp/6-31g(d):b3lyp/6-31g(d)) sys -1 2 1 2 1 2 0 1 0 1 0 1 C 0 -5.80978800 -0.70835900 -0.98827500 M C 0 -4.69805200 -1.40248800 -0.56586200 M C 0 -3.53582800 -0.71606100 -0.12291700 M C 0 -3.53571800 0.71609900 -0.12332600 M C 0 -4.69780600 1.40245400 -0.56674200 M C 0 -5.80971100 0.70826300 -0.98858900 M C 0 -2.36897800 1.39771200 0.31449900 M C 0 -1.25423500 0.71369800 0.74485100 M H 14 C 0 -1.25430400 -0.71351500 0.74514700 M H 11 C 0 -2.36918700 -1.39760300 0.31527100 M C 0 -0.00000400 -1.41705800 1.22539400 H C 0 1.25418500 -0.71353900 0.74481600 L H 11 C 0 1.25427300 0.71367600 0.74486600 L H 14 C 0 0.00002100 1.41731600 1.22510900 H C 0 2.36922400 1.39767100 0.31501900 L C 0 3.53581900 0.71603300 -0.12313800 L C 0 3.53560200 -0.71612400 -0.12351900 L C 0 2.36889700 -1.39764100 0.31453400 L C 0 4.69768300 -1.40257200 -0.56679500 L C 0 5.80973100 -0.70846900 -0.98841600 L C 0 5.80993800 0.70814700 -0.98806800 L C 0 4.69811300 1.40236400 -0.56605000 L H 0 -6.69272400 -1.24575500 -1.32386400 M H 0 -4.69490400 -2.49020600 -0.56581300 M H 0 -4.69456200 2.49017000 -0.56712600 M H 0 -6.69249900 1.24560600 -1.32464900 M H 0 -2.36627500 2.48628700 0.30286100 M H 0 -2.36660200 -2.48618400 0.30411800 M H 0 0.00016800 -1.42797900 2.32895900 H H 0 -0.00008100 -2.46641500 0.91176500 H H 0 0.00001000 2.46660900 0.91129000 H H 0 0.00003700 1.42844500 2.32867700 H H 0 2.36673100 2.48625200 0.30387300 L H 0 2.36616200 -2.48621800 0.30304300 L H 0 4.69437800 -2.49028800 -0.56710200 L H 0 6.69264100 -1.24588400 -1.32404100 L H 0 6.69306500 1.24547000 -1.32327000 L H 0 4.69521300 2.49008100 -0.56558100 L |
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