 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 982 | 回復(fù): 3 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
zongzhiyou銀蟲 (初入文壇)
|
[求助]
NAMD安裝中的nanotubes.conf文件如何編寫
|
|
各位大俠，請教在NAMD安裝中需要的nanotubes.conf文件如何編寫啊，我需要做分子對接（蛋白與配體之間），有沒有哪位大俠幫忙指點(diǎn)一下，或者模版或者幫編寫下 感謝萬分�。〖鼻蟀�（昨天寫了一個關(guān)于安裝的求助帖，當(dāng)時找到了相關(guān)資料，而且帖子還沒有人回答就選擇了讓斑竹刪了，但是在請求刪除到刪除的過程中有位仁兄回復(fù)了，再次對那位仁兄說抱歉�。� |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
材料調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
考研調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
26申博
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
調(diào)劑申請
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
環(huán)境工程297分求調(diào)劑一志愿杭高院
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
070300化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿085600中科院寧波所276分求調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
288資源與環(huán)境專碩求調(diào)劑，不限專業(yè)，有學(xué)上就行
已經(jīng)有22人回復(fù)
-
273求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
267求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 【求助】namd、vmd推薦個學(xué)習(xí)修改和編寫腳本網(wǎng)站和地方吧
已經(jīng)有3人回復(fù)
4樓2013-01-09 20:42:24
fhh2626
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線: 139小時
- 蟲號: 1475956
- 注冊: 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵交流 2013-01-09 20:41:10
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵交流 2013-01-09 20:41:10
|
安裝的話不需要.conf文件的，只要解壓就行了 .conf文件是跑分子動力學(xué)的參數(shù)文件，包括了各種參數(shù)信息 建議你先看一下NAMD的教程，論壇里面有中文版的 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3516164 |
2樓2013-01-09 12:29:18
fhh2626
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 135 (高中生)
- 金幣: 2354.1
- 紅花: 7
- 帖子: 344
- 在線: 139小時
- 蟲號: 1475956
- 注冊: 2011-11-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zongzhiyou: 金幣+50, ★★★★★最佳答案 2013-01-10 11:13:24
zongzhiyou: 金幣+50, ★★★★★最佳答案 2013-01-10 11:13:24
|
給你看一個.conf的樣本吧 ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # This is what this job does ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure mypsf.psf coordinates mypdb.pdb outputName myoutput set temperature 310 # Continuing a job from the restart files if {0} { set inputname myinput binCoordinates $inputname.restart.coor binVelocities $inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem $inputname.xsc } firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid.inp # NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you # have also specified a .vel restart file! temperature $temperature # Periodic Boundary conditions # NOTE: Do not set the periodic cell basis if you have also # specified an .xsc restart file! if {0} { cellBasisVector1 20.0 0 0 cellBasisVector2 0 20.0 0 cellBasisVector3 0 0 50.0 cellOrigin 0 0 0 } wrapWater on wrapAll on # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 #PME (for full-system periodic electrostatics) if {0} { PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 32 #PMEGridSizeY 32 #PMEGridSizeZ 64 } # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) if {0} { useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature } restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 500 xstFreq 500 outputEnergies 100 outputPressure 100 # Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1) if {0} { fixedAtoms on fixedAtomsFile myfixedatoms.pdb fixedAtomsCol B } # IMD Settings (can view sim in VMD) if {0} { IMDon on IMDport 3000 ;# port number (enter it in VMD) IMDfreq 1 ;# send every 1 frame IMDwait no ;# wait for VMD to connect before running? } ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Put here any custom parameters that are specific to # this job (e.g., SMD, TclForces, etc...) ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization if {0} { minimize 100 reinitvels $temperature } run 50000 ;# 100ps |
3樓2013-01-09 12:50:02
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 309求調(diào)劑 +5 | gajsj 2026-03-25 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 294分080500材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +11 | 柳溪邊 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 合肥區(qū)域性重點(diǎn)一本招收調(diào)劑 +4 | 6266jl 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程 085701，267求調(diào)劑 +13 | minht 2026-03-29 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分 +11 | dongfang59 2026-03-27 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +6 | 邱gl 2026-03-30 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 263求調(diào)劑 +3 | DDDDuu 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 335求調(diào)劑 +3 | 321* 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +5 | 小卡不卡. 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿南開大學(xué)0710生物學(xué)359求調(diào)劑 +5 | 兔兔兔111223314 2026-03-29 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理 材料求調(diào)劑 +16 | 李李不服輸 2026-03-26 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | dfffsar 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +10 | 15188958825 2026-03-25 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | 種圣賜 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600，專業(yè)課化工原理，321分求調(diào)劑 +5 | 大饞小子 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 11408軟件工程求調(diào)劑 +3 | Qiu學(xué)ing 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +7 | 江辭666 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 曼殊2266 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境專碩324分求調(diào)劑推薦 +5 | 軒小寧—— 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料專碩 335 分求調(diào)劑 +4 | 拒絕冷暴力 2026-03-25 | 4/200 |
|