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liying2010B銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
請教：代謝組學(xué)數(shù)據(jù)預(yù)處理結(jié)果里各英文參數(shù)的意義？
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本人采用XCMS-online 對GC-MS數(shù)據(jù)預(yù)處理，因為是新手，結(jié)果里各英文參數(shù)的意義很多都不知道是什么含義，且該選其中的哪幾個進入下一步分析呢？ 參數(shù)分別為：featureidx name METLIN_MSMS fold pvalue mzmed rtmed maxint dataset1_mean dataset2_mean isotopes adducts peakgroup usernotes tstat qvalue fscore mzmin mzmax rtmin rtmax dataset1_sd dataset2_sd 特來向各位代謝組學(xué)的高手們請教，還望大俠們不吝賜教一二，小女子感激不盡！如有需要，好的答案我在手動追加金幣也可以呀！這個月要出結(jié)果，著急呀，好心的您快來幫幫我吧！     |
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wizardfan
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沒有用過那個軟件，不過猜想可以在手冊中找到這些縮寫。 在這里猜幾個 featureidx： feature在LC-MS中是指一小塊區(qū)域（橫坐標(biāo)為retention time，縱坐標(biāo)為m/z），這塊區(qū)域可以鑒定為某個物質(zhì)，比如多肽，idx是index，序數(shù) name： 這個就不說了 fold：變化的倍數(shù) pvalue：統(tǒng)計學(xué)指標(biāo)，一般越小越好 tstat qvalue fscore:其他的統(tǒng)計學(xué)指標(biāo) mzmed：猜測是median of m/z，就是feature區(qū)域里，m/z的中心值 rtmed：median of retention time，RT的中心值，和mzmed一起，就標(biāo)明了feature的中心位置 maxint： maximum intensity最大峰值 dataset1_mean dataset2_mean：數(shù)據(jù)組1和2的平均值 dataset1_sd dataset2_sd： 標(biāo)準(zhǔn)方差 standard deviation usernotes：用戶筆記 mzmin mzmax rtmin rtmax：m/z 以及RT 的最大值，最小值 |
2樓2013-01-10 07:36:18
liying2010B
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3樓2013-01-10 14:38:41
shygza
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liying2010B: 金幣+25, ★★★很有幫助 2013-01-12 21:22:18
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這是scripps的metlin擴展工具吧，顯然有在線文檔啊 http://metlin.scripps.edu/xcms/faq.php |
4樓2013-01-11 16:45:37
shygza
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5樓2013-01-11 16:47:45
liying2010B
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6樓2013-01-12 21:24:53
liying2010B
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7樓2013-01-12 21:28:13
【答案】應(yīng)助回帖
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wizardfan: 金幣+1, 謝謝參與 2013-01-21 06:16:15
liying2010B: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, O(∩_∩)O謝謝，特別歡迎你來回帖哦！ 2013-01-21 12:54:22
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xcms給出的excel表中 有用的參數(shù)分別是 name，mzmed （質(zhì)荷比） ，rtmed（出峰時間）這幾個，還一個峰面積的參數(shù)（你所給的眾多參數(shù)中沒看到） 這些數(shù)據(jù)是歸屬于每個質(zhì)譜峰（或稱為碎片峰）的（可能有好幾百個質(zhì)譜峰，但實際上色譜峰是幾十個，這是因為色譜-質(zhì)譜儀器每個色譜峰至少有3到5次的掃描，質(zhì)譜間隔也有若干次掃描。） 先按照rtmin的出峰時間，從小到大把execl表中每一行排列好 然后出峰時間有效位數(shù)前三位幾乎一樣的那些質(zhì)譜峰，很大可能來源于同一個色譜峰（每個色譜峰代表一種生物標(biāo)志物） 在質(zhì)譜工作站中，把色譜峰的質(zhì)譜信息和這些質(zhì)譜峰的質(zhì)荷比相比較，確定哪些質(zhì)譜峰是屬于同一個色譜峰，然后把它們峰面積相加。 |
8樓2013-01-19 13:14:33
metabolome 
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9樓2013-09-09 11:00:19
rmq1990
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10樓2015-09-09 14:58:28
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