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liying2010B銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
請教：代謝組學(xué)數(shù)據(jù)預(yù)處理結(jié)果里各英文參數(shù)的意義？
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本人采用XCMS-online 對(duì)GC-MS數(shù)據(jù)預(yù)處理，因?yàn)槭切率郑Y(jié)果里各英文參數(shù)的意義很多都不知道是什么含義，且該選其中的哪幾個(gè)進(jìn)入下一步分析呢？ 參數(shù)分別為：featureidx name METLIN_MSMS fold pvalue mzmed rtmed maxint dataset1_mean dataset2_mean isotopes adducts peakgroup usernotes tstat qvalue fscore mzmin mzmax rtmin rtmax dataset1_sd dataset2_sd 特來向各位代謝組學(xué)的高手們請教，還望大俠們不吝賜教一二，小女子感激不盡！如有需要，好的答案我在手動(dòng)追加金幣也可以呀！這個(gè)月要出結(jié)果，著急呀，好心的您快來幫幫我吧！     |
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metabolome 
新蟲 (初入文壇)
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9樓2013-09-09 11:00:19
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
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amisking: BioEPI+1, good！ 2013-01-10 20:30:17
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沒有用過那個(gè)軟件，不過猜想可以在手冊中找到這些縮寫。 在這里猜幾個(gè) featureidx： feature在LC-MS中是指一小塊區(qū)域（橫坐標(biāo)為retention time，縱坐標(biāo)為m/z），這塊區(qū)域可以鑒定為某個(gè)物質(zhì)，比如多肽，idx是index，序數(shù) name： 這個(gè)就不說了 fold：變化的倍數(shù) pvalue：統(tǒng)計(jì)學(xué)指標(biāo)，一般越小越好 tstat qvalue fscore:其他的統(tǒng)計(jì)學(xué)指標(biāo) mzmed：猜測是median of m/z，就是feature區(qū)域里，m/z的中心值 rtmed：median of retention time，RT的中心值，和mzmed一起，就標(biāo)明了feature的中心位置 maxint： maximum intensity最大峰值 dataset1_mean dataset2_mean：數(shù)據(jù)組1和2的平均值 dataset1_sd dataset2_sd： 標(biāo)準(zhǔn)方差 standard deviation usernotes：用戶筆記 mzmin mzmax rtmin rtmax：m/z 以及RT 的最大值，最小值 |
2樓2013-01-10 07:36:18
liying2010B
銀蟲 (小有名氣)
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3樓2013-01-10 14:38:41
shygza
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liying2010B: 金幣+25, ★★★很有幫助 2013-01-12 21:22:18
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這是scripps的metlin擴(kuò)展工具吧，顯然有在線文檔啊 http://metlin.scripps.edu/xcms/faq.php |
4樓2013-01-11 16:45:37
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