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pelargonium

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[求助] ELFCAR坐標混亂，與原子結構不匹配已有1人參與

VASP做結構優(yōu)化是加了LELF=TRUE，得到ELFCAR用VESTA處理時，發(fā)現(xiàn)ELFCAR導出的數(shù)據(jù)和原子結構不匹配，在有的有原子的地方顯示是空位，有的是空位的地方顯示有原子，但是CHGCAR導出數(shù)據(jù)和原子結構是符合的。
截了幾個面，發(fā)現(xiàn)ELFCAR的010面試CHGCAR的001面，ELF的001面是CHGCAR的100面，ELF的100面是CHGCAR錯開的010面，試了幾次都這樣，不清楚是怎么回事。
010面，d=0.5a，圖給大家看一下對比，藍底的是ELF，綠底是CHG，還有一張是原子結構。
拜托大家告訴我這是怎么回事吧�。。。。�！萬分感謝。

CHGCAR.jpg

ELFCAR.jpg

STRUCTURE.jpg

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1樓 2013-01-16 12:59:06

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魔鬼中的天使

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fzx2008: 金幣+2, 謝謝交流！ 2013-01-19 20:05:40

ELF反映的電子的局域化程度
可以用于判斷成鍵的情況
沒有原子的地方，也有可能形成多中心鍵

不知道你這兩種原子都是什么，以及其他層面都怎么樣，不好進一步分析了

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pelargonium

2樓2013-01-19 19:57:06

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pelargonium

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2樓: Originally posted by 魔鬼中的天使 at 2013-01-19 19:57:06
ELF反映的電子的局域化程度
可以用于判斷成鍵的情況
沒有原子的地方，也有可能形成多中心鍵

不知道你這兩種原子都是什么，以及其他層面都怎么樣，不好進一步分析了

之前文獻的情況是空位處顯示藍色的，而且現(xiàn)在已經基本確定是ELFCAR的坐標軸與原子結構和CHGCAR相錯，ELF的a,b,c軸分別為原子結構的b,c,a軸，不知道這種坐標混亂有沒有辦法可以解決？

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3樓2013-01-20 12:28:52

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fzuvivi

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★ ★
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流，， 2013-01-21 21:42:03

我覺得你的結構有點怪異。原子間的間隙巨大啊～
ELF最好是用弛豫后的scf得到。不知道用弛豫得到的會不會一樣。
建議貼出你的INCAR和POSCAR

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4樓2013-01-20 16:53:41

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pelargonium

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4樓: Originally posted by fzuvivi at 2013-01-20 16:53:41
我覺得你的結構有點怪異。原子間的間隙巨大啊～
ELF最好是用弛豫后的scf得到。不知道用弛豫得到的會不會一樣。
建議貼出你的INCAR和POSCAR

INCAR

SYSTEM =GSTGO

Start parameter for this run:
ISTART = 0
ICHARG = 2
NWRITE = 2
ISPIN = 1

Electronic Relaxation
ENCUT = 320
IALGO = 38
NELM = 60
EDIFF = 1E-05
LREAL = .TRUE.
NELMIN = 8

Ionic Relaxation
EDIFFG = -0.01 Stopping-Criterion for IOM (HF-FORCE)
NSW = 200
IBRION = 2
ISIF = 3
POTIM = 3

DOS related values:
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1

Write flags
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .TRUE.
LELF = .TRUE.

LPLANE = .TRUE.
NPAR = 16
LSCALU = .FALSE.
NSIM = 4

POSCAR

GST-225-cell
1.00000000000000
12.2260291973393400 0.1071386669248578 0.1068990913524132
   0.1062901342114842 12.2971433711523677 0.1266777097852780
   0.1071629105308827 0.1285186331593658 12.4085723481011669
Ge Sb Te
  13  13  32
Direct
  0.2519444564005303  0.2457650359981172  0.2589318176278494
  0.9927053793093025  0.9851977837201132  0.2377197587234996
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這個是經過優(yōu)化的晶體結構GeSbTe，有的地方間隙巨大的應該是空位

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5樓2013-01-21 08:59:30

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pelargonium

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引用回帖:

還有，什么叫弛豫后的SCF？

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6樓2013-01-21 09:00:50

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引用回帖:

6樓: Originally posted by pelargonium at 2013-01-21 09:00:50
還有，什么叫弛豫后的SCF？...

我的意思是先弛豫，達到精度后，再做一次自洽，在自洽中加入LELF。然后再通過VESTA讀取。看了你的POSCAR，首先佩服下你們的服務器作業(yè)能力！呵呵～。應該沒什么太大的問題�？墒悄憬o出來的圖形結構有點怪。。是不是對稱性的不足。剛用VESTA看了下，總覺得你那個胞的第一層原子間距有點怪異

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7樓2013-01-21 22:10:23

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【答案】應助回帖

引用回帖:

3樓: Originally posted by pelargonium at 2013-01-20 12:28:52
之前文獻的情況是空位處顯示藍色的，而且現(xiàn)在已經基本確定是ELFCAR的坐標軸與原子結構和CHGCAR相錯，ELF的a,b,c軸分別為原子結構的b,c,a軸，不知道這種坐標混亂有沒有辦法可以解決？...

坐標軸還會混亂么？
直接文本打開CHGCAR和ELFCAR，對比頭上的abc看看
同一次計算的結果，應該坐標軸一樣的啊

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8樓2013-01-22 00:25:52

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我的也出現(xiàn)了這個問題，和樓主一樣一樣的。查看過了ELFCAR和CHGCAR頭上的若干行，坐標和原子位置都是一樣的。非常郁悶。

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9樓2013-07-24 13:32:41

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我的ELF坐標混亂的問題后來解決了，之前用vasp5算的坐標混亂，后來換了一臺機器用vasp5.2計算就再沒出現(xiàn)坐標錯位的問題，可能是程序的問題？具體的我也不太清楚，你看你要不也換一臺機器試一下？

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10樓2013-12-01 16:05:05

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