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pelargonium

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[求助] ELFCAR坐標混亂，與原子結(jié)構(gòu)不匹配已有1人參與

VASP做結(jié)構(gòu)優(yōu)化是加了LELF=TRUE，得到ELFCAR用VESTA處理時，發(fā)現(xiàn)ELFCAR導出的數(shù)據(jù)和原子結(jié)構(gòu)不匹配，在有的有原子的地方顯示是空位，有的是空位的地方顯示有原子，但是CHGCAR導出數(shù)據(jù)和原子結(jié)構(gòu)是符合的。
截了幾個面，發(fā)現(xiàn)ELFCAR的010面試CHGCAR的001面，ELF的001面是CHGCAR的100面，ELF的100面是CHGCAR錯開的010面，試了幾次都這樣，不清楚是怎么回事。
010面，d=0.5a，圖給大家看一下對比，藍底的是ELF，綠底是CHG，還有一張是原子結(jié)構(gòu)。
拜托大家告訴我這是怎么回事吧�。。。。。∪f分感謝。

CHGCAR.jpg

ELFCAR.jpg

STRUCTURE.jpg

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1樓 2013-01-16 12:59:06

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fzx2008: 金幣+2, 謝謝交流！ 2013-01-19 20:05:40

ELF反映的電子的局域化程度
可以用于判斷成鍵的情況
沒有原子的地方，也有可能形成多中心鍵

不知道你這兩種原子都是什么，以及其他層面都怎么樣，不好進一步分析了

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pelargonium

2樓2013-01-19 19:57:06

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pelargonium

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2樓: Originally posted by 魔鬼中的天使 at 2013-01-19 19:57:06
ELF反映的電子的局域化程度
可以用于判斷成鍵的情況
沒有原子的地方，也有可能形成多中心鍵

不知道你這兩種原子都是什么，以及其他層面都怎么樣，不好進一步分析了

之前文獻的情況是空位處顯示藍色的，而且現(xiàn)在已經(jīng)基本確定是ELFCAR的坐標軸與原子結(jié)構(gòu)和CHGCAR相錯，ELF的a,b,c軸分別為原子結(jié)構(gòu)的b,c,a軸，不知道這種坐標混亂有沒有辦法可以解決？

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3樓2013-01-20 12:28:52

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fzuvivi

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★ ★
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流，， 2013-01-21 21:42:03

我覺得你的結(jié)構(gòu)有點怪異。原子間的間隙巨大啊～
ELF最好是用弛豫后的scf得到。不知道用弛豫得到的會不會一樣。
建議貼出你的INCAR和POSCAR

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4樓2013-01-20 16:53:41

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4樓: Originally posted by fzuvivi at 2013-01-20 16:53:41
我覺得你的結(jié)構(gòu)有點怪異。原子間的間隙巨大啊～
ELF最好是用弛豫后的scf得到。不知道用弛豫得到的會不會一樣。
建議貼出你的INCAR和POSCAR

INCAR

SYSTEM =GSTGO

Start parameter for this run:
ISTART = 0
ICHARG = 2
NWRITE = 2
ISPIN = 1

Electronic Relaxation
ENCUT = 320
IALGO = 38
NELM = 60
EDIFF = 1E-05
LREAL = .TRUE.
NELMIN = 8

Ionic Relaxation
EDIFFG = -0.01 Stopping-Criterion for IOM (HF-FORCE)
NSW = 200
IBRION = 2
ISIF = 3
POTIM = 3

DOS related values:
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1

Write flags
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .TRUE.
LELF = .TRUE.

LPLANE = .TRUE.
NPAR = 16
LSCALU = .FALSE.
NSIM = 4

POSCAR

GST-225-cell
1.00000000000000
12.2260291973393400 0.1071386669248578 0.1068990913524132
   0.1062901342114842 12.2971433711523677 0.1266777097852780
   0.1071629105308827 0.1285186331593658 12.4085723481011669
Ge Sb Te
  13  13  32
Direct
  0.2519444564005303  0.2457650359981172  0.2589318176278494
  0.9927053793093025  0.9851977837201132  0.2377197587234996
  0.9847656567988778  0.2441427315650469  0.9859656537539453
  0.7532801304209262  0.2405193933916095  0.2365323037081040
  0.2402338531882204  0.7317140768334295  0.2500469243345699
  0.7585458972719255  0.5026892086543936  0.0140526432258342
  0.7488639557907306  0.7300586050060833  0.2435272347899303
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這個是經(jīng)過優(yōu)化的晶體結(jié)構(gòu)GeSbTe，有的地方間隙巨大的應該是空位

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5樓2013-01-21 08:59:30

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引用回帖:

還有，什么叫弛豫后的SCF？

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6樓2013-01-21 09:00:50

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【答案】應助回帖

引用回帖:

6樓: Originally posted by pelargonium at 2013-01-21 09:00:50
還有，什么叫弛豫后的SCF？...

我的意思是先弛豫，達到精度后，再做一次自洽，在自洽中加入LELF。然后再通過VESTA讀取�？戳四愕腜OSCAR，首先佩服下你們的服務器作業(yè)能力！呵呵～。應該沒什么太大的問題。可是你給出來的圖形結(jié)構(gòu)有點怪。。是不是對稱性的不足。剛用VESTA看了下，總覺得你那個胞的第一層原子間距有點怪異

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7樓2013-01-21 22:10:23

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【答案】應助回帖

引用回帖:

3樓: Originally posted by pelargonium at 2013-01-20 12:28:52
之前文獻的情況是空位處顯示藍色的，而且現(xiàn)在已經(jīng)基本確定是ELFCAR的坐標軸與原子結(jié)構(gòu)和CHGCAR相錯，ELF的a,b,c軸分別為原子結(jié)構(gòu)的b,c,a軸，不知道這種坐標混亂有沒有辦法可以解決？...

坐標軸還會混亂么？
直接文本打開CHGCAR和ELFCAR，對比頭上的abc看看
同一次計算的結(jié)果，應該坐標軸一樣的啊

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8樓2013-01-22 00:25:52

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我的也出現(xiàn)了這個問題，和樓主一樣一樣的。查看過了ELFCAR和CHGCAR頭上的若干行，坐標和原子位置都是一樣的。非常郁悶。

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9樓2013-07-24 13:32:41

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我的ELF坐標混亂的問題后來解決了，之前用vasp5算的坐標混亂，后來換了一臺機器用vasp5.2計算就再沒出現(xiàn)坐標錯位的問題，可能是程序的問題？具體的我也不太清楚，你看你要不也換一臺機器試一下？

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10樓2013-12-01 16:05:05

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