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hengyue5257木蟲 (著名寫手)
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[求助]
如何用Real-time 檢測(cè)投加反應(yīng)器后的純菌
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| 我們已經(jīng)獲得一株純菌，想投加到原反應(yīng)器中看這株菌能否提高反應(yīng)器的處理能力。想通過Real-time PCR來檢測(cè)這株菌在反應(yīng)器的變化。怎么來做，比如如何設(shè)計(jì)引物，采用什么標(biāo)記；采用相對(duì)定量還是絕對(duì)定量。之前沒有做過，所以問題較多，請(qǐng)大家?guī)椭? |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hengyue5257: 金幣+20 2013-01-18 20:47:32
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hengyue5257: 金幣+20 2013-01-18 20:47:32
| real time pcr是對(duì)某一基因的表達(dá)高低來分析的，是基因水平的研究，聽樓主說想要檢測(cè)菌株在反應(yīng)器的變化，個(gè)人覺得應(yīng)該首先選取幾個(gè)與菌株生理變化相關(guān)的基因來研究，比如微生物衰亡相關(guān)的，細(xì)胞分裂相關(guān)的等等，然后設(shè)計(jì)每一個(gè)基因的引物（prime5.0設(shè)計(jì)），優(yōu)化基因的擴(kuò)增體系，最后可以用SYBR GREEN法或者探針法進(jìn)行rt PCR，數(shù)據(jù)分析建議還是相對(duì)定量法好一些，常用2-ΔΔct法。 |
2樓2013-01-18 14:29:16
hengyue5257
木蟲 (著名寫手)
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3樓2013-01-18 20:47:27
oldflying
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hengyue5257: 金幣+10 2013-01-19 21:31:46
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hengyue5257: 金幣+10 2013-01-19 21:31:46
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反應(yīng)器中如果是混合菌的話，用16S rRNA做恐怕得不到真正的結(jié)果，因?yàn)?6S的保守度太高了，其它細(xì)菌的16S照樣會(huì)被擴(kuò)增出來，所以混合菌的話只能選用目的菌株的特異基因來做。而如果是單一菌種的話，直接做生長(zhǎng)曲線就能知道其生長(zhǎng)情況了，當(dāng)然real time PCR也可以，但比較麻煩吧。 |
4樓2013-01-19 18:09:51
hengyue5257
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5樓2013-01-19 21:31:38
oldflying
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6樓2013-01-19 22:24:54
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