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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 第一性原理 » MS » 搭建正二十面體金屬團簇
| 查看: 8560 | 回復: 40 | |||||||||||||||
一聲嘆息010木蟲 (小有名氣)
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[交流]
搭建正二十面體金屬團簇 已有28人參與
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由于某些原因， 我想搭建一些金屬團簇，過程真的有些曲折，我都準備寫個小腳本計算空間坐標了 。幸好發(fā)現(xiàn)了劍橋大學團簇庫，可以直接獲得團簇的原子坐標。 http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html 比如，我想得到包含147個Au原子的正二十面體。 復制所有坐標，新建一個Excel表格， 將坐標粘貼到B3單元格：點右鍵-->選擇性粘貼-->無格式文本。然后在A1單元格輸入原子數(shù)，如此例中的147；在A3單元格輸入元素符號，如此例中的Au，通過向下拖動A3單元格快速復制Au；在A2單元格隨便寫點東西方便回顧，可以不寫； 文件-->另存為，另存為.txt格式的文本文件 大部分計算軟件都可以讀取.xyz格式的文件，比如Materials Studio 點擊右鍵，改變一下顯示方式 居然沒有金屬鍵，Build一下的默認值就有了：Build-->Bonds 如果出現(xiàn)跨原子的長程鍵，顯然就不合適了，就稍微調(diào)調(diào)兩個滑塊 最后，點擊clean按鈕，使結構合理一些（因為我們之前是套用的Al原子坐標） [ Last edited by 一聲嘆息010 on 2013-1-19 at 20:44 ] |
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icosahedron ??????????Y?? ????о????? ????????Щ?????????? ?????M??????? ??????ú???ε?????a?? ???Юa??????????????????}?????????? ????????f???? ??a???????С?? icosahedraon (?o????????????) ??????????С?? 12 symmetry ???O???????????? 2 ?? icosahedron ?? 12 ?? symmetry points ????? (+/- Sm, +/- Sp, 0 ) ( 0 , +/- Sm, +/- Sp) (+/- Sp, 0 , +/- Sm) ???? Sm=dsqrt(2-s), Sp=dsqrt(2+s) ?????????Y?? ????? "Clusters and Small Particles: In Gases and Plasmas" ?@???? (????Boris M. Smirnov) ?? 124 ???? icosahedron ?????С?????????? ??????????κ?????? icosaheron ?? |
29樓2015-02-09 05:36:40
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謝謝大家的鼓勵，小白也在修煉中。 在此，再貼出一個主要是有機分子的數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站，方便名稱和結構的互相生成 http://www.chemspider.com/ |
10樓2013-01-20 21:36:49
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