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本人想通過(guò)軟件改變某個(gè)特定氨基酸的某個(gè)基團(tuán)，比如說(shuō)，我想改變某個(gè)位點(diǎn)的Lys的氨基，將其變?yōu)榱u基，有軟件可以做到這一點(diǎn)嗎？如何做的呀？PDBviewer pymal VMD能做嗎？請(qǐng)高手解答。50金幣送上.如能指導(dǎo)我順利做出，有更多金幣送上。

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1樓 2013-01-20 19:25:43

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qianxiong

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9樓2013-01-22 08:46:05

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chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2013-01-21 08:16:55
轉(zhuǎn)基因猴子: 金幣+20 2013-01-21 13:51:45

還是直接編輯pdb文件，修改原始數(shù)據(jù)比較合適。不需要用軟件來(lái)實(shí)現(xiàn)這個(gè)。

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2樓2013-01-20 21:46:18

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lrf1980

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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2013-01-21 08:17:07
轉(zhuǎn)基因猴子: 金幣+20 2013-01-21 13:51:38

舉個(gè)例子。4dxd.pdb 175號(hào)殘基lys 的原子坐標(biāo)如下：
ATOM 1133  N LYS A 175    4.266  20.656  -0.448  1.00 24.26          N
ATOM 1134  CA  LYS A 175    5.425  19.788  -0.168  1.00 24.34          C
ATOM 1135  C LYS A 175    6.681  20.530 0.331  1.00 28.17          C
ATOM 1136  O LYS A 175    7.509  19.928 1.005  1.00 28.22          O
ATOM 1137  CB  LYS A 175    5.745  18.901  -1.381  1.00 25.70          C
ATOM 1138  CG  LYS A 175    4.648  17.890  -1.613  1.00 25.52          C
ATOM 1139  CD  LYS A 175    4.955  16.904  -2.714  1.00 28.78          C
ATOM 1140  CE  LYS A 175    3.767  15.995  -2.930  1.00 33.76          C
ATOM 1141  NZ  LYS A 175    3.995  15.043  -4.046  1.00 46.97          N

把 1141 的NZ改成如下

ATOM 1141  O LYS A 175    3.995  15.043  -4.046  1.00 46.97          O
然后你用一些軟件加氫，就將氨基改成了羥基。但是這種改變是否有科學(xué)依據(jù)？你需要自己判斷。

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3樓2013-01-20 21:56:34

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引用回帖:

3樓: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-20 21:56:34
舉個(gè)例子。4dxd.pdb 175號(hào)殘基lys 的原子坐標(biāo)如下：
ATOM 1133 N LYS A 175 4.266 20.656 -0.448 1.00 24.26 N
ATOM 1134 CA LYS A 175 5.425 19.788 -0.168 1.00 24.34 ...

那如何查看PDB的文件？使用什么軟件呢？

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4樓2013-01-21 13:51:28

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