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[交流] Sybyl中，可不可以將分子隨意放到蛋白質(zhì)某個(gè)氨基酸殘基附近？

Sybyl中，可不可以將分子隨意放到蛋白質(zhì)某個(gè)氨基酸殘基的附近？甚至展示其與氨基酸殘基發(fā)揮某種作用，想要做這種圖，以說(shuō)明自己的化合物設(shè)計(jì)目的。

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1樓 2013-01-23 15:23:11

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lishijunzong

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zh1987hs: 金幣+1, 謝謝 2013-01-31 18:37:47

就目前來(lái)說(shuō)好像不太行吧，最多說(shuō)在某個(gè)殘基附近

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2樓2013-01-23 16:16:23

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qustwq

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zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2013-01-31 18:37:38

這個(gè)可以手動(dòng)把它放到你想放的位置，然后顯示兩者形成的氫鍵。至于別的作用就不知道怎么顯示了

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3樓2013-01-24 09:48:18

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引用回帖:

3樓: Originally posted by qustwq at 2013-01-24 09:48:18
這個(gè)可以手動(dòng)把它放到你想放的位置，然后顯示兩者形成的氫鍵。至于別的作用就不知道怎么顯示了

怎么放呢？這種效果也行，求指點(diǎn)一二～

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4樓2013-01-24 15:23:23

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lixin240: 金幣+5, 3Q 2013-01-24 18:20:28
zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2013-01-31 18:38:00

把這配體和受體放在兩個(gè)工作區(qū)域里面，選擇只移動(dòng)一個(gè)區(qū)域內(nèi)的分子。因?yàn)楹镁貌挥胹ybyl了，所以電腦上已經(jīng)卸載了忘了具體操作步驟了！

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5樓2013-01-24 16:03:48

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引用回帖:

5樓: Originally posted by qustwq at 2013-01-24 16:03:48
把這配體和受體放在兩個(gè)工作區(qū)域里面，選擇只移動(dòng)一個(gè)區(qū)域內(nèi)的分子。因?yàn)楹镁貌挥胹ybyl了，所以電腦上已經(jīng)卸載了忘了具體操作步驟了！

我這樣試過(guò)，但是優(yōu)化好的分子構(gòu)象不能改變（不知道可不可以去改變？），還有就是放到兩個(gè)工作區(qū)后，在調(diào)整分子取向的時(shí)候，在空間上分子與蛋白產(chǎn)生了距離，也就是分子取向調(diào)節(jié)好了就脫離蛋白很遠(yuǎn)了，不知道我說(shuō)清楚了沒(méi)有，呵呵

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6樓2013-01-24 18:22:39

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zh1987hs: 金幣+2, 謝謝 2013-01-31 18:38:15

按照我對(duì)你的回復(fù)的理解認(rèn)為，優(yōu)化好的分子構(gòu)象剛?cè)徊荒苁謩?dòng)去改變，要不然優(yōu)化就沒(méi)有意義了。至于你說(shuō)的分子取向調(diào)節(jié)好后離蛋白很遠(yuǎn)的問(wèn)題，你嘗試一下能否按住鼠標(biāo)的滾珠移動(dòng)分子。

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7樓2013-01-31 09:41:05

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