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hanyanli0475

銅蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] 石墨烯納米帶差分電荷密度

各位朋友大家好，我現(xiàn)在想計(jì)算一下，石墨烯納米帶用氫修飾邊緣后的差分電荷密度，我的思路是：1.計(jì)算含氫修飾的石墨烯納米帶的自洽，然后再做其對(duì)應(yīng)的電荷密度pp1，2.計(jì)算沒(méi)有被氫修飾的石墨烯納米帶的自洽，然后再做其對(duì)應(yīng)的電荷密度pp2，3.用pp1減去pp2，就得出差分電荷密度了。
但是，在運(yùn)行最后一步相減時(shí)，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤：
from chdens : error #       1    incompatible celldm

大家看看這是怎么回事啊？？？我猜測(cè)，由于氫修飾石墨烯納米帶有18個(gè)原子，而沒(méi)有修飾的納米帶有14個(gè)原子，所以報(bào)錯(cuò)了……，對(duì)嗎？大家?guī)蛶兔Γ@兩天著急看結(jié)果。謝謝大家了。
我貼出輸入文件，大家看看。
各位高手幫幫忙啊，現(xiàn)在很著急想想看看這個(gè)結(jié)果，已經(jīng)好幾天了。謝謝大家了。
1.氫修飾
&CONTROL
calculation = 'scf' ,
restart_mode = 'from_scratch' ,
outdir = '/tmp/' ,
pseudo_dir = '/pseudo/' ,
prefix = 'GNRs1' ,
etot_conv_thr = 1.0D-5 ,
forc_conv_thr = 1.0D-4 ,
tstress = .true. ,
tprnfor = .true. ,
/
&SYSTEM
ibrav = 8,
celldm(1) = 12.85444,celldm(2) =2.647059,celldm(3) =0.621529,
nat = 18,ntyp = 2,
ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false.,
occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' ,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.0d-8 ,
mixing_beta = 0.7 ,
mixing_mode = 'plain' ,
diagonalization = 'david',
/
ATOMIC_SPECIES
C 12.00000  C.pz-vbc.UPF
H 1.00000 H.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
C       0.866030823 0.704519630 0.694313986
C       0.866030561 0.300457518 0.694314669
C       0.866027893 0.434500388 0.701171789
C       0.866027929 0.570477950 0.701171509
C       0.866028609 0.638094818 0.201893797
C       0.866028570 0.366882713 0.201894300
C       0.866027532 0.502489004 0.199704828
C       0.866028510 0.366882792 0.866296944
C       0.866027540 0.502488999 0.868484013
C       0.866028591 0.638094715 0.866297098
C       0.866030847 0.704519700 0.373879718
C       0.866030637 0.300457490 0.373879469
C       0.866027908 0.434500383 0.367017742
C       0.866027925 0.570477984 0.367017815
H       0.866034074 0.757566662 0.818374200
H       0.866034006 0.247411263 0.818376532
H       0.866034046 0.757566942 0.249821844
H       0.866034000 0.247411048 0.249819748
K_POINTS automatic
1 1 21    0 0 0
電荷密度（氫修飾）
&inputpp
prefix  = 'GNRs1',
outdir = '/tmp/',
filplot = 'GNRscharge1',
plot_num= 0
/
&plot
nfile = 1,
filepp(1) = 'GNRscharge1',
weight(1) = 1.0,
iflag = 3,
output_format = 5,
fileout = 'GNRs1.rho.dat',
x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0,
e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0,
e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0,
e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0,
nx=60, ny=70,nz=100,
/
2.沒(méi)有修飾
&CONTROL
calculation = 'scf' ,
restart_mode = 'from_scratch' ,
outdir = '/tmp/' ,
pseudo_dir = '/pseudo/' ,
prefix = 'GNRs' ,
etot_conv_thr = 1.0D-5 ,
forc_conv_thr = 1.0D-4 ,
tstress = .true. ,
tprnfor = .true. ,
/
&SYSTEM
ibrav = 8,
celldm(1) = 12.85444,celldm(2) = 2.64706,celldm(3) =0.621529,
nat = 14,ntyp = 1,
ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false.,
occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' ,
/
&ELECTRONS
conv_thr = 1.0d-8 ,
mixing_beta = 0.7 ,
mixing_mode = 'plain' ,
diagonalization = 'david',
/
ATOMIC_SPECIES
C 12.00000  C.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
C       0.866030145 0.700155656 0.679081001
C       0.866029909 0.304821192 0.679081287
C       0.866030105 0.434673629 0.700325500
C       0.866030142 0.570303990 0.700325660
C       0.866029908 0.638126091 0.197297690
C       0.866029779 0.366850839 0.197297344
C       0.866029841 0.502488587 0.199817032
C       0.866029844 0.366850921 0.870892872
C       0.866029877 0.502488591 0.868370667
C       0.866029971 0.638126029 0.870892498
C       0.866030295 0.700155402 0.389111299
C       0.866030010 0.304821478 0.389111239
C       0.866030061 0.434673655 0.367863033
C       0.866030114 0.570303941 0.367862876
K_POINTS automatic
1 1 21    0 0 0
電荷密度
&inputpp
prefix  = 'GNRs2',
outdir = '/tmp/',
filplot = 'GNRscharge2',
plot_num= 0
/
&plot
nfile = 1,
filepp(1) = 'GNRscharge2',
weight(1) = 1.0,
iflag = 3,
output_format = 5,
fileout = 'GNRs2.rho.dat',
x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0,
e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0,
e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0,
e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0,
nx=60, ny=70,nz=100,
/

3.相減
&inputpp
/
&plot
nfile = 2,
filepp(1) = 'GNRscharge1',
filepp(2) = 'GNRscharge2',
weight(1) = 1.0,
weight(2) = -1.0,
iflag = 3,
output_format = 5,
fileout = 'GNRsdiff.rho.dat',
/

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什么時(shí)候能算完�。。。�

1樓 2013-01-31 22:38:10

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lfhuang

木蟲(chóng) (著名寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

兩個(gè)文件里的數(shù)據(jù)相減，你先要把兩個(gè)文件中電荷密度之外的信息（比如原子數(shù)，原子坐標(biāo)...應(yīng)該在文件頭）弄成完全一致了。
不過(guò)我很懷疑樓主算這樣的差分電荷的意義。對(duì)于graphene nanoribbon體系的差分電荷處理，類似信息，可以參考下面參考中的公式13和圖6：
http://iopscience.iop.org/0953-8984/25/5/055304

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先進(jìn)使役材料計(jì)算（https://aidme.nimte.ac.cn）

2樓2013-02-01 01:53:42

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hanyanli0475

銅蟲(chóng) (小有名氣)

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您好，謝謝您的回答，這個(gè)計(jì)算電荷密度的思路，也是在小木蟲(chóng)學(xué)習(xí)的，文獻(xiàn)上也是這樣給的。我也會(huì)好好看一下您提供的文獻(xiàn)，學(xué)習(xí)一下。今天早上我把原子數(shù)改相同了，但是還是不行，您能在幫我看看嗎?謝謝哈

[ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ]

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什么時(shí)候能算完！�。�！

3樓2013-02-01 11:07:31

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souledge

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hanyanli0475: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2013-02-01 14:13:53

引用回帖:

from chdens : error # 1 incompatible celldm

出錯(cuò)信息寫得再明白不過(guò)了，incompatible celldm，不兼容的celldm。什么是celldm？那不就是&system中的celldm(i)參數(shù)么？說(shuō)白了，就是兩個(gè)結(jié)構(gòu)的尺寸不同。尺寸不同的東西你讓電腦怎么減？
我們知道，差分電荷密度是 $d \rho (x,y,z)=\rho (x,y,z) - \sum [{\rho}^{i} (x, y, z)]$ ，只有每個(gè)xyz能對(duì)應(yīng)完全相同才有意義。
另外，補(bǔ)充一下二樓的疑問(wèn)。二樓的疑問(wèn)是這么做差分有沒(méi)有什么物理意義，而不是這么做究竟對(duì)不對(duì)，是不是正統(tǒng)做差分的方法。事實(shí)上，差分這個(gè)東西也可以根據(jù)自己的需要來(lái)自己定義差分的方法。

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思想重于技巧，內(nèi)涵重于表象

4樓2013-02-01 12:07:58

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引用回帖:

4樓: Originally posted by souledge at 2013-02-01 12:07:58
出錯(cuò)信息寫得再明白不過(guò)了，incompatible celldm，不兼容的celldm。什么是celldm？那不就是&system中的celldm(i)參數(shù)么？說(shuō)白了，就是兩個(gè)結(jié)構(gòu)的尺寸不同。尺寸不同的東西你讓電腦怎么減？
我們知道，差分電 ...

非常感謝您的回答，我看了一下我的晶格常數(shù)，設(shè)置的都是一樣的呀，而且在計(jì)算摻雜時(shí)，就可以相減，不知道是為何原因？我應(yīng)該怎樣修改呢？

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5樓2013-02-01 14:13:47

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謝謝回答，問(wèn)題解決，celldm（2）中，就差了一點(diǎn)點(diǎn)，呵呵。謝謝您。

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6樓2013-02-01 15:57:03

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請(qǐng)問(wèn)樓主你這加氫的石墨帶在scf算之前有沒(méi)有進(jìn)行relax呢

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努力

7樓2013-04-18 15:19:59

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引用回帖:

計(jì)算車紛電荷密度的時(shí)候要設(shè)置nx，ny 。這個(gè)設(shè)置的根據(jù)是什么呢希望能給將截一下謝謝啊

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8樓2015-10-24 10:08:46

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