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hanyanli0475銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
石墨烯納米帶差分電荷密度
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各位朋友大家好，我現(xiàn)在想計算一下，石墨烯納米帶用氫修飾邊緣后的差分電荷密度，我的思路是：1.計算含氫修飾的石墨烯納米帶的自洽，然后再做其對應(yīng)的電荷密度pp1，2.計算沒有被氫修飾的石墨烯納米帶的自洽，然后再做其對應(yīng)的電荷密度pp2，3.用pp1減去pp2，就得出差分電荷密度了。 但是，在運(yùn)行最后一步相減時，出現(xiàn)如下錯誤： from chdens : error # 1 incompatible celldm 大家看看這是怎么回事啊？？？我猜測，由于氫修飾石墨烯納米帶有18個原子，而沒有修飾的納米帶有14個原子，所以報錯了……，對嗎？大家?guī)蛶兔Γ@兩天著急看結(jié)果。謝謝大家了。 我貼出輸入文件，大家看看。 各位高手幫幫忙啊，現(xiàn)在很著急想想看看這個結(jié)果，已經(jīng)好幾天了。謝謝大家了。 1.氫修飾 &CONTROL calculation = 'scf' , restart_mode = 'from_scratch' , outdir = '/tmp/' , pseudo_dir = '/pseudo/' , prefix = 'GNRs1' , etot_conv_thr = 1.0D-5 , forc_conv_thr = 1.0D-4 , tstress = .true. , tprnfor = .true. , / &SYSTEM ibrav = 8, celldm(1) = 12.85444,celldm(2) =2.647059,celldm(3) =0.621529, nat = 18,ntyp = 2, ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false., occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' , / &ELECTRONS conv_thr = 1.0d-8 , mixing_beta = 0.7 , mixing_mode = 'plain' , diagonalization = 'david', / ATOMIC_SPECIES C 12.00000 C.pz-vbc.UPF H 1.00000 H.pz-vbc.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal C 0.866030823 0.704519630 0.694313986 C 0.866030561 0.300457518 0.694314669 C 0.866027893 0.434500388 0.701171789 C 0.866027929 0.570477950 0.701171509 C 0.866028609 0.638094818 0.201893797 C 0.866028570 0.366882713 0.201894300 C 0.866027532 0.502489004 0.199704828 C 0.866028510 0.366882792 0.866296944 C 0.866027540 0.502488999 0.868484013 C 0.866028591 0.638094715 0.866297098 C 0.866030847 0.704519700 0.373879718 C 0.866030637 0.300457490 0.373879469 C 0.866027908 0.434500383 0.367017742 C 0.866027925 0.570477984 0.367017815 H 0.866034074 0.757566662 0.818374200 H 0.866034006 0.247411263 0.818376532 H 0.866034046 0.757566942 0.249821844 H 0.866034000 0.247411048 0.249819748 K_POINTS automatic 1 1 21 0 0 0 電荷密度（氫修飾） &inputpp prefix = 'GNRs1', outdir = '/tmp/', filplot = 'GNRscharge1', plot_num= 0 / &plot nfile = 1, filepp(1) = 'GNRscharge1', weight(1) = 1.0, iflag = 3, output_format = 5, fileout = 'GNRs1.rho.dat', x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0, e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0, e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0, e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0, nx=60, ny=70,nz=100, / 2.沒有修飾 &CONTROL calculation = 'scf' , restart_mode = 'from_scratch' , outdir = '/tmp/' , pseudo_dir = '/pseudo/' , prefix = 'GNRs' , etot_conv_thr = 1.0D-5 , forc_conv_thr = 1.0D-4 , tstress = .true. , tprnfor = .true. , / &SYSTEM ibrav = 8, celldm(1) = 12.85444,celldm(2) = 2.64706,celldm(3) =0.621529, nat = 14,ntyp = 1, ecutwfc = 125.0 ,ecutrho = 500 ,nosym = .false., occupations = 'smearing' ,degauss = 0.02 ,smearing = 'mp' , / &ELECTRONS conv_thr = 1.0d-8 , mixing_beta = 0.7 , mixing_mode = 'plain' , diagonalization = 'david', / ATOMIC_SPECIES C 12.00000 C.pz-vbc.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal C 0.866030145 0.700155656 0.679081001 C 0.866029909 0.304821192 0.679081287 C 0.866030105 0.434673629 0.700325500 C 0.866030142 0.570303990 0.700325660 C 0.866029908 0.638126091 0.197297690 C 0.866029779 0.366850839 0.197297344 C 0.866029841 0.502488587 0.199817032 C 0.866029844 0.366850921 0.870892872 C 0.866029877 0.502488591 0.868370667 C 0.866029971 0.638126029 0.870892498 C 0.866030295 0.700155402 0.389111299 C 0.866030010 0.304821478 0.389111239 C 0.866030061 0.434673655 0.367863033 C 0.866030114 0.570303941 0.367862876 K_POINTS automatic 1 1 21 0 0 0 電荷密度 &inputpp prefix = 'GNRs2', outdir = '/tmp/', filplot = 'GNRscharge2', plot_num= 0 / &plot nfile = 1, filepp(1) = 'GNRscharge2', weight(1) = 1.0, iflag = 3, output_format = 5, fileout = 'GNRs2.rho.dat', x0(1) = 0.0, x0(2) =0.0, x0(3)= 0.0, e1(1) =1.0, e1(2)= 0.0, e1(3) = 0.0, e2(1) =0.0, e2(2)= 1.0, e2(3) = 0.0, e3(1) =0.0, e3(2)= 0.0, e3(3) = 1.0, nx=60, ny=70,nz=100, / 3.相減 &inputpp / &plot nfile = 2, filepp(1) = 'GNRscharge1', filepp(2) = 'GNRscharge2', weight(1) = 1.0, weight(2) = -1.0, iflag = 3, output_format = 5, fileout = 'GNRsdiff.rho.dat', / |
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souledge
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hanyanli0475: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2013-02-01 14:13:53
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出錯信息寫得再明白不過了，incompatible celldm，不兼容的celldm。什么是celldm？那不就是&system中的celldm(i)參數(shù)么？說白了，就是兩個結(jié)構(gòu)的尺寸不同。尺寸不同的東西你讓電腦怎么減？ 我們知道，差分電荷密度是 另外，補(bǔ)充一下二樓的疑問。二樓的疑問是這么做差分有沒有什么物理意義，而不是這么做究竟對不對，是不是正統(tǒng)做差分的方法。事實(shí)上，差分這個東西也可以根據(jù)自己的需要來自己定義差分的方法。 |
4樓2013-02-01 12:07:58
lfhuang
木蟲 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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兩個文件里的數(shù)據(jù)相減，你先要把兩個文件中電荷密度之外的信息（比如原子數(shù)，原子坐標(biāo)...應(yīng)該在文件頭）弄成完全一致了。 不過我很懷疑樓主算這樣的差分電荷的意義。對于graphene nanoribbon體系的差分電荷處理，類似信息，可以參考下面參考中的公式13和圖6： http://iopscience.iop.org/0953-8984/25/5/055304 |
2樓2013-02-01 01:53:42
hanyanli0475
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3樓2013-02-01 11:07:31
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5樓2013-02-01 14:13:47
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