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lammps 離子液體，離子中相鄰隔的挺遠的原子成鍵了，不知什么原因
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我在進行模擬的時候，首先用兩個分子（四個離子）測試了，結(jié)構(gòu)非常好，沒啥異常。但是增多原子后，發(fā)現(xiàn)其中一個陰離子（tfsi-）中F原子和相隔非常遠的O原子（相隔五個原子）成鍵了，從而使整個離子變的亂起八糟。 我檢查了力場參數(shù)，采用的是opls—aa勢，和文獻中一致，電荷也守恒。 想問問各位蟲子，這個是什么原因呢？該怎么解決呢？ 也不知怎么搞的，我遇到好多詭異的問題。。。 |
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| 離子結(jié)構(gòu)圖和結(jié)果圖如下， fsi中的F原子和emim中的Hoverlap了，導致能量變?yōu)樨摂?shù)了。 |
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- 附件 2 : result.jpg
2013-02-04 11:30:25, 11.79 K
2013-02-04 11:30:57, 21.26 K
5樓2013-02-04 11:32:15
ddll_slsl
木蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 動力學與控制
2樓2013-02-04 10:27:01
3樓2013-02-04 11:15:01
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我模擬的體系是emim陽離子，和fsi陰離子。 我的in文件如下： LAMMPS input file units real boundary p p p atom_style full #uncharged molecules, with bond, angle, dihedral, improper dihedral bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style opls improper_style cvff pair_style lj/cut/coul/long 12.0 pair_modify mix arithmetic tail yes kspace_style pppm 1.0e-4 #read_restart restart.mix.* read_data data.il #read_restart restart.mix.* #fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 3 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 3 every 1 check yes #delay 3 velocity all create 300.0 4567712 rot yes dist gaussian compute 1 all temp #fix 2 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 1.0 1.0 10.0 #fix 2 all langevin 300.0 300.0 200 48279 #fix 3 all nve fix 2 all nvt temp 300.0 300.0 50.0 minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000 min_style cg min_modify dmax 0.2 timestep 0.05 dump 1 all custom 20 dump.atom.*.lammpstrj id x y z dump 2 all custom 200000 dump.force.* id mol type element fx fy fz #dump 3 all dcd 2000 dump.trj.lammpstrj dump_modify 1 flush yes dump_modify 2 flush yes #dump_modify 3 flush yes thermo_style custom step c_1 pe etotal vol lx ly lz thermo 1000 thermo_modify flush yes restart 100000 restart.mix.* run 100000 timestep 0.1 #thermo 1000 run 100000 我的log文件 24000 273.6706 272.92199 317.7888 125000 50 50 50 25000 325.54712 263.24033 316.61201 125000 50 50 50 26000 313.35585 255.15618 306.52916 125000 50 50 50 27000 3516.0726 1330.2863 1906.7272 125000 50 50 50 28000 1783.7174 315.87659 608.30734 125000 50 50 50 29000 1473.6364 568.98349 810.57815 125000 50 50 50 30000 1474.526 -32.645347 209.09516 125000 50 50 50 31000 671.23014 38.678556 148.72308 125000 50 50 50 32000 464.68752 -90.201486 -14.018499 125000 50 50 50 33000 11929.712 727.72594 2683.5372 125000 50 50 50 34000 1249.3459 -505.03535 -300.2119 125000 50 50 50 35000 6864.2858 180.49005 1305.8523 125000 50 50 50 36000 418.5098 -612.91378 -544.30138 125000 50 50 50 37000 174.50306 -677.42917 -648.82034 125000 50 50 50 38000 79.074924 -680.99101 -668.0271 125000 50 50 50 39000 149.36694 -684.89448 -660.40658 125000 50 50 50 40000 34276.857 762.54228 6382.0463 125000 50 50 50 41000 405.71061 -658.47541 -591.96137 125000 50 50 50 42000 52.579346 -689.37579 -680.7557 125000 50 50 50 43000 37.702359 -697.65724 -691.47615 125000 50 50 50 44000 77.636161 -698.36347 -685.63545 125000 50 50 50 45000 1068.4743 -541.76354 -366.593 125000 50 50 50 46000 769.90494 -593.81149 -467.58977 125000 50 50 50 47000 909.93159 -769.17108 -619.99276 125000 50 50 50 Rank 19 [Mon Feb 4 02:49:12 2013] [c13-3c2s3n1] application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 19 ERROR on proc 19: Bond atoms 26 27 missing on proc 19 at step 47662 (neigh_bond.cpp:49) 從第3000步開始，能量突然驟減，我調(diào)出結(jié)構(gòu)圖來一看，是結(jié)構(gòu)出現(xiàn)了問題 |
4樓2013-02-04 11:22:57
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