 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2943 | 回復(fù): 3 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
broaddepth木蟲 (小有名氣)
|
[求助]
關(guān)于SNP測(cè)定中位點(diǎn)的概念，新手問題
|
||
|
大家好，最近我收到一個(gè)技術(shù)資料，是關(guān)于使用試劑盒通過PCR擴(kuò)增后，測(cè)定DNA的SNP的。 就是在使用引物的時(shí)候，引物對(duì)應(yīng)的SNP位點(diǎn)上面寫“A709G”，請(qǐng)問大家，這個(gè)是指一個(gè)基因呢？還是指某一個(gè)基團(tuán)上面的某一位呢？ 其它類似的還有“C16519T”一類的，同樣我感到不解。 謝謝大家 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有284人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
湖北師范大學(xué)招調(diào)劑啦
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
邵陽學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
天津商業(yè)大學(xué) 生物與醫(yī)藥課題組招生
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
生物化工學(xué)碩招收調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
huangguoqing
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 31 (小學(xué)生)
- 金幣: 3524.6
- 散金: 100
- 紅花: 3
- 帖子: 356
- 在線: 305.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 909932
- 注冊(cè): 2009-11-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 基因組學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2013-02-20 17:08:08
broaddepth: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝 2013-02-20 18:44:07
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2013-02-20 17:08:08
broaddepth: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝 2013-02-20 18:44:07
| SNP是單核苷酸多態(tài)性，就是單核苷酸發(fā)生了變化，你說的那個(gè)A709G，意思是在這段cDNA序列或者RNA序列的第709堿基發(fā)生突變，由A突變成G。后者C16519T的意思，是在基因組的16519堿基位置發(fā)生的核苷酸突變。具體是哪個(gè)位置，看你做的基因在NCBI的登錄號(hào)，然后查一下吧。 |
3樓2013-02-19 09:48:41
wjswj
木蟲 (正式寫手)
小木蟲領(lǐng)金幣專業(yè)戶
- 應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
- 金幣: 2591.2
- 散金: 12
- 紅花: 2
- 帖子: 692
- 在線: 45.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 493165
- 注冊(cè): 2008-01-10
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小丹木木: 金幣+3, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2013-02-20 17:07:53
broaddepth: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝 2013-02-20 18:44:16
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小丹木木: 金幣+3, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2013-02-20 17:07:53
broaddepth: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝 2013-02-20 18:44:16
|
以下內(nèi)容來自小木蟲 SNP介紹: SNP (Single Nucleotide Polymorphism 單核苷酸多態(tài))具有分布密度高、基因分型方法具有進(jìn)行大規(guī)模處理的潛力等特點(diǎn)，而成為繼微衛(wèi)星標(biāo)記后引人注目的一類遺傳多態(tài)標(biāo)記。1980年 Botstein 等就已采用RFLP (限制性酶切片段長(zhǎng)度多態(tài))構(gòu)建DNA的物理圖譜。自從1995年以來在基因組測(cè)序的過程中，SNP被研究者重新認(rèn)識(shí)，其應(yīng)用越來越廣泛，從復(fù)雜遺傳病和腫瘤易感基因的定位，到群體和進(jìn)化遺傳學(xué)研究，SNP已成為一種重要的研究工具。NCBI的dbSNP數(shù)據(jù)庫是啟動(dòng)最早，收集數(shù)據(jù)最多的公共數(shù)據(jù)庫，盡管它無論在用戶界面設(shè)計(jì)，還是在數(shù)據(jù)內(nèi)容方面都存在相當(dāng)多的局限和問題，但它仍然是在學(xué)術(shù)界最有影響的SNP數(shù)據(jù)資源之一。該數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)一般都有兩個(gè)身份標(biāo)識(shí)(ID)：ss編號(hào)和rs編號(hào)，前者是為所有研究者提交的SNP都生成的編號(hào)，稱為NCBI分析編號(hào)(NCBI Assay ID)，而后者是在對(duì)所有已有數(shù)據(jù)比較后，為獨(dú)特SNP生成的編號(hào)，稱為參考SNP編號(hào)(reference SNP ID)。理論上一個(gè)rs SNP可能對(duì)應(yīng)多個(gè)不同的ss SNP, rsSNP應(yīng)是唯一的。但事實(shí)上不同rs編號(hào)的SNP也不一定代表不同的SNP，這是NCBI目前的數(shù)據(jù)處理流程存在的問題之一。NCBI，UCSC和Sanger中心的基因組標(biāo)釋都對(duì)rs編號(hào)的SNP進(jìn)行了基因組定位，因?yàn)镾NP數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)采集不如GenBank那樣標(biāo)準(zhǔn)嚴(yán)格，也沒有提供相應(yīng)的軟件幫助研究者制作標(biāo)準(zhǔn)的提交數(shù)據(jù)，因此也常有數(shù)據(jù)不完整，可靠性有局限等問題。所幸有其它一些數(shù)據(jù)庫提供了更為全面的相關(guān)信息，如TSC (The SNP Consortium: http://snp.cshl.org/)提供的SNP等位基因頻率數(shù)據(jù)，UCSC中可以獲得定位SNP的旁側(cè)序列。關(guān)于snp位點(diǎn)的命名其實(shí)并不統(tǒng)一，大家在文獻(xiàn)中一般用的都是習(xí)慣或者說慣用名稱。具體表現(xiàn)在以下幾種形式： 一、突變信息之間加上位置信息： 主要有三種方式：比如說突變信息之間加上cDNA的位置，如C188T；突變信息之間加上DNA的位置，如A2546G；突變氨基酸信息之間加上氨基酸位置，如Glu145Lys。 二、按發(fā)現(xiàn)順序或頻率順序擬定的慣用名稱 也有幾種形式，如CYP2D6*10,CYP2C9*3等。還有一些前面加個(gè)m，表示突變，如cyp2c19m2等，還有一些也可以在文獻(xiàn)中見到，如CYP2E1的c1>c2的突變等等�？傊问绞嵌鄻拥�，有時(shí)確實(shí)讓人感到頭暈。你可以到下面的網(wǎng)址看看，也許有啟發(fā)，這是CYP系列SNP的一個(gè)命名網(wǎng)站。http://www.cypalleles.ki.se/ 三、NCBI的rs號(hào) ncbi里對(duì)所有提交的snp進(jìn)行分類考證之后，都會(huì)給出一個(gè)rs號(hào)，也可稱作參考snp，并給出snp的具體信息，包括前后序列，位置信息，分布頻率等，應(yīng)該說用這個(gè)rs號(hào)是比較容易確定搞明白的。 四、需要注意的地方 首先，由于基因信息的不斷完善和補(bǔ)充，很多原來的snp位置信息都在發(fā)生變化，向C188T這樣的snp位置信息，你只需把它當(dāng)成一個(gè)名字而已，千萬不要真對(duì)著188這個(gè)位置去找snp。查到位置疑議，也不必驚慌，很可能就是基因信息的更迭造成的。 再次、ncbi的同一個(gè)snp可能擁有2個(gè)rs號(hào)，這也沒什么，關(guān)鍵是你要找對(duì)了 |
2樓2013-02-19 08:51:44
exon2002
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- MolEPI: 1
- 應(yīng)助: 82 (初中生)
- 金幣: 11588.5
- 紅花: 9
- 帖子: 2217
- 在線: 929.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 170490
- 注冊(cè): 2006-01-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)
4樓2013-02-20 05:39:06
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 315求調(diào)劑 +6 | 小羊小羊_ 2026-04-02 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 298求B區(qū)調(diào)劑 +4 | zzz，，r 2026-04-02 | 5/250 |
|
|
[考研] 0856初試324分求調(diào)劑 +6 | 想上學(xué)求調(diào) 2026-04-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料專碩322分 +11 | 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 385分 生物學(xué)（071000）求調(diào)劑 +6 | qf626 2026-04-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
 重慶大學(xué)材料與化工085600，初試370+，求求調(diào)劑建議
+5
|
shzhou_ 2026-04-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +4 | 汪�。�！ 2026-03-31 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600，320分求調(diào)劑 +5 | 大饞小子 2026-04-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料專業(yè)調(diào)劑 +5 | 啦啦啦哭 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085410人工智能 初試316分 求調(diào)劑 +3 | 殘星拂曙 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +8 | 七憶77 2026-04-01 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 318一志愿吉林大學(xué)生物與醫(yī)藥 求調(diào)劑 +6 | 篤行致遠(yuǎn). 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 335求調(diào)劑 +3 | 321* 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +13 | 深V宿舍吧 2026-03-29 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 求收留 +8 | 1943443204 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿中海洋320化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)碩求調(diào)劑 +8 | 披星河 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +3 | 末未mm 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +6 | @taotao 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿中南大學(xué)化學(xué)0703總分337求調(diào)劑 +6 | niko- 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 331環(huán)境科學(xué)與工程求調(diào)劑 +3 | 熠然好運(yùn)氣 2026-03-27 | 3/150 |
|