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千年夏日新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
如何確定密碼子從序列第幾位開(kāi)始？
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請(qǐng)教大家一個(gè)問(wèn)題~~ 我有好幾段幾百bp的同源序列，已知這是蛋白質(zhì)編碼區(qū)，經(jīng)過(guò)比對(duì)后把兩端不對(duì)齊的切掉后，怎么確定修剪后序列的第一位是密碼子的第幾位呢？也就是說(shuō)怎么確定序列第幾位開(kāi)始是密碼子的第一位嘞？不一定指起始密碼子 如果有什么生物軟件可以用，麻煩介紹一下該軟件的教程��！謝謝各位�。。。�！ [ Last edited by 千年夏日 on 2013-2-21 at 12:21 ] |
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2樓2013-02-22 09:23:47
3樓2013-02-22 09:44:18
chriscda
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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在Vector NTI里使用Analyses菜單下的Find ORF功能，默認(rèn)的參數(shù)是尋找以ATG或GTG開(kāi)始，連續(xù)至少150bp不出現(xiàn)TAA、TGA或TAG終止密碼子的片段，標(biāo)記為開(kāi)放閱讀框。大多數(shù)情況下在你輸入的序列上預(yù)測(cè)出的正向的最長(zhǎng)的片段就是實(shí)際的cds。 但是對(duì)于可能不以ATG開(kāi)頭的不完整開(kāi)放閱讀框，你可以選擇參數(shù)窗口的Incomplete ORF選項(xiàng)。這樣得到的正向的最長(zhǎng)的結(jié)果就比較可能是你要的結(jié)果。 cds區(qū)別于非cds一般的特征是cds中間沒(méi)有終止密碼子，非cds一般翻譯20個(gè)氨基酸就難免出現(xiàn)終止密碼子了�；谶@個(gè)特點(diǎn)，你可以按照樓上的同學(xué)提供的方法，從1、2、3三個(gè)起始相位開(kāi)始翻譯，手工進(jìn)行預(yù)測(cè)，這和我前面說(shuō)的軟件預(yù)測(cè)的原理是相同的。 |
4樓2013-02-22 16:06:14
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