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[求助]
求教怎么樣才能找到一個(gè)蛋白抗原性較強(qiáng)的區(qū)域
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我有那個(gè)蛋白序列，我想克隆其中抗原性強(qiáng)的序列或者是蛋白表面的區(qū)域。有沒(méi)有什么網(wǎng)站或者方法可以找到呢？ 新手求教！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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amisking: 金幣+2, 鼓勵(lì)發(fā)帖交流問(wèn)題。 2013-02-26 18:16:03
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amisking: 金幣+2, 鼓勵(lì)發(fā)帖交流問(wèn)題。 2013-02-26 18:16:03
| 蛋白質(zhì)表面的區(qū)域容易找出來(lái)，查看該蛋白質(zhì)的PDB圖譜就可以（可以NCBI或Protein Data Bank中找一下，如果有的話），但貌似沒(méi)有強(qiáng)大軟件可以分析蛋白質(zhì)抗原性，因?yàn)榭乖允轻槍?duì)某一特定環(huán)境而言，不具備“統(tǒng)一性”（本人觀點(diǎn)，未必正確） |
2樓2013-02-26 17:18:30
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我查了一下軟件，有一個(gè)DNAstar的。有一欄是分析抗原性。 我有個(gè)疑問(wèn)，因?yàn)槲沂窍胱鲆粋�(gè)基因10種轉(zhuǎn)錄蛋白的抗體，也就是取那10個(gè)蛋白共同的有部分。現(xiàn)在找到的一組48aa的。我是應(yīng)該從原有那10個(gè)蛋白的PDB圖譜中看表面區(qū)域?qū)γ矗?br /> 那抗原性也是綜合10個(gè)蛋白的情況？不知道你有沒(méi)有做過(guò)類似的？ 還有一個(gè)小小疑問(wèn)，關(guān)于PCR引物的，我要P指定區(qū)域，這樣引物就是固定好的。那那些頸環(huán)，二聚體根本避免不了，要怎么辦呢？你了解么？ |
3樓2013-02-26 21:47:51
erahua
鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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- 專業(yè): 神經(jīng)生物學(xué)
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wizardfan: 金幣+3, 應(yīng)助指數(shù)-1, 謝謝參與，不過(guò)回帖更傾向于交流，而不是應(yīng)助 2013-02-27 05:08:07
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mark學(xué)習(xí)下。 對(duì)結(jié)構(gòu)不懂。。。 個(gè)人感覺(jué)既然是想做一個(gè)抗體能識(shí)別所有的轉(zhuǎn)錄體，那應(yīng)該是要識(shí)別它們之間共有的序列吧。 或者是識(shí)別共同的構(gòu)象? 針對(duì)構(gòu)象的抗體，感覺(jué)很神秘...還有就是不同的轉(zhuǎn)錄體在生理情況下的構(gòu)象是否會(huì)有某部分一樣,另外就是即便同一轉(zhuǎn)錄體在不同生理情況下是否會(huì)保持構(gòu)象不變... |
4樓2013-02-27 05:03:07
wizardfan
至尊木蟲(chóng) (著名寫手)
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5樓2013-02-27 05:06:01
【答案】應(yīng)助回帖
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蛋白質(zhì)互作時(shí)的表位可分為：線性表位和構(gòu)象表位，所以你要的氨基酸序列未必在結(jié)構(gòu)的表面，或者即使在結(jié)構(gòu)表面也應(yīng)該是不連續(xù)的幾段氨基酸序列。更深層次的東西我不是很懂，可以請(qǐng)教一下內(nèi)行的大蝦~ 關(guān)于PCR克隆指定區(qū)域的話，可以在指定區(qū)域直接截取約20bp序列作為引物，甚至還可以在引物兩端加上你想要的Linker或酶切位點(diǎn)。即使有少量二聚體，也什么大礙，只要能擴(kuò)出你的目的片段就OK了。為了減少錯(cuò)配的發(fā)生，你還可以先對(duì)目的片度酶切，以含有目的片段的酶切片段做模板做PCR。 |
6樓2013-02-27 09:54:24
7樓2013-02-27 14:30:41
sunxijunim 
新蟲(chóng) (小有名氣)
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8樓2014-10-02 00:37:49
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