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求教怎么樣才能找到一個(gè)蛋白抗原性較強(qiáng)的區(qū)域
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我有那個(gè)蛋白序列，我想克隆其中抗原性強(qiáng)的序列或者是蛋白表面的區(qū)域。有沒有什么網(wǎng)站或者方法可以找到呢？ 新手求教！ |
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2樓2013-02-26 17:18:30
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我查了一下軟件，有一個(gè)DNAstar的。有一欄是分析抗原性。 我有個(gè)疑問，因?yàn)槲沂窍胱鲆粋�(gè)基因10種轉(zhuǎn)錄蛋白的抗體，也就是取那10個(gè)蛋白共同的有部分。現(xiàn)在找到的一組48aa的。我是應(yīng)該從原有那10個(gè)蛋白的PDB圖譜中看表面區(qū)域?qū)γ矗?br /> 那抗原性也是綜合10個(gè)蛋白的情況？不知道你有沒有做過類似的？ 還有一個(gè)小小疑問，關(guān)于PCR引物的，我要P指定區(qū)域，這樣引物就是固定好的。那那些頸環(huán)，二聚體根本避免不了，要怎么辦呢？你了解么？ |
3樓2013-02-26 21:47:51
erahua
鐵蟲 (初入文壇)
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wizardfan: 金幣+3, 應(yīng)助指數(shù)-1, 謝謝參與，不過回帖更傾向于交流，而不是應(yīng)助 2013-02-27 05:08:07
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mark學(xué)習(xí)下。 對(duì)結(jié)構(gòu)不懂。。。 個(gè)人感覺既然是想做一個(gè)抗體能識(shí)別所有的轉(zhuǎn)錄體，那應(yīng)該是要識(shí)別它們之間共有的序列吧。 或者是識(shí)別共同的構(gòu)象? 針對(duì)構(gòu)象的抗體，感覺很神秘...還有就是不同的轉(zhuǎn)錄體在生理情況下的構(gòu)象是否會(huì)有某部分一樣,另外就是即便同一轉(zhuǎn)錄體在不同生理情況下是否會(huì)保持構(gòu)象不變... |
4樓2013-02-27 05:03:07
wizardfan
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5樓2013-02-27 05:06:01
【答案】應(yīng)助回帖
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蛋白質(zhì)互作時(shí)的表位可分為：線性表位和構(gòu)象表位，所以你要的氨基酸序列未必在結(jié)構(gòu)的表面，或者即使在結(jié)構(gòu)表面也應(yīng)該是不連續(xù)的幾段氨基酸序列。更深層次的東西我不是很懂，可以請(qǐng)教一下內(nèi)行的大蝦~ 關(guān)于PCR克隆指定區(qū)域的話，可以在指定區(qū)域直接截取約20bp序列作為引物，甚至還可以在引物兩端加上你想要的Linker或酶切位點(diǎn)。即使有少量二聚體，也什么大礙，只要能擴(kuò)出你的目的片段就OK了。為了減少錯(cuò)配的發(fā)生，你還可以先對(duì)目的片度酶切，以含有目的片段的酶切片段做模板做PCR。 |
6樓2013-02-27 09:54:24
7樓2013-02-27 14:30:41
sunxijunim 
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8樓2014-10-02 00:37:49
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