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[求助]
amber MD過程中出現(xiàn)的問題 求各位大神解答
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我做的是真空體系，最小化和加熱過程均沒有出現(xiàn)問題，在MD的時候，out文件提示 The system has extended beyond the extent of the virtual box. Restarting sander will recalculate a new virtual box with 30 Angstroms extra on each side, if there is a restart file for this configuration. SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f) Atom out of bounds. If a restart has been written, restarting should resolve the error 就跑了幾步之后就跑不下去了。。出現(xiàn)提示。。。怎么回事啊？ |
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 amber |
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3樓2013-03-08 14:48:39
lccbat
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2樓2013-03-08 14:15:42
【答案】應(yīng)助回帖
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lingogo: 金幣+5, ★有幫助 2013-03-09 17:01:19
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lingogo: 金幣+5, ★有幫助 2013-03-09 17:01:19
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有些東東我也不太確定，你可以試試。 restraint_wt=2.0, ntt=3 cut=10 另外你可以去amber的網(wǎng)站看看，例如： http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/section1.htm 祝你好運(yùn) |
4樓2013-03-08 17:49:27
匿名
用戶注銷 (正式寫手)
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lingogo: 金幣+45, ★★★★★最佳答案, 問題解決了~~ 2013-03-09 17:02:01
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5樓2013-03-09 00:08:26
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