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請(qǐng)教關(guān)于gromacs計(jì)算單個(gè)氨基酸殘基與配體相互作用能的問(wèn)題 已有2人參與
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通過(guò)mdrun -rerun之后們可以重跑出一個(gè)新的能量文件，相信做過(guò)的都知道，我就不說(shuō)了。 問(wèn)題是在用g_energy 分析能量的時(shí)候，會(huì)有coul-sr LJ-sr這些項(xiàng)，到底應(yīng)該計(jì)算哪一個(gè)呢，比如說(shuō)是精氨酸吧，帶有正電荷，是不是說(shuō)我就應(yīng)該計(jì)算Coul-SR，而舍棄范德華力LJ-SR呢，而不帶電荷的那些比如，色氨酸，蘇氨酸是不是就只計(jì)算范德華力LJ，而不計(jì)算庫(kù)侖力Coul呢？ 求大神解答�。�！最近這個(gè)困擾好久了 |
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2樓2014-05-27 19:32:00
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6樓2014-06-20 22:41:01
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