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xueer小雯金蟲 (初入文壇)
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[求助]
請教gromacs蛋白與小分子相互作用分析 已有3人參與
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是這樣的，我先做了蛋白與小分子的平衡，而后將小分子從蛋白的活性口袋中拉伸出來。 現(xiàn)在主要想分析整個過程中拉力的變化，看看峰值什么的，這個不知道該用什么命令來執(zhí)行。 然后再分析分析氫鍵作用，這個我知道用g_bond。 然后還有疏水作用和水橋，不知道這兩個用哪個命令可以執(zhí)行。 請教大家，請不吝賜教！ 多謝！ |
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 gromacs | xuexijisuan | 藥物化學 | gromacs |
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2樓2014-03-26 21:03:04
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3樓2014-03-26 21:57:42
xulinan
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| 樓上說的都是很常用的，如果你是新手只想簡單的看力和相互作用能量變化的話建議使用g_traj提取力文件，g_energy提取相互作用能量，g_hbond分析氫鍵，g_saltbr分析鹽橋；PMF可以用g_wham，疏水作用和水橋好像是不能直接分析的，需要借助其他軟件，水橋你要是用g_hbond自己計算就麻煩了。當然你還可以輔助一些比如距離g_dist等分析峰值，有些文章是用力、距離和能量共同確定峰值的。 |
4樓2014-03-27 03:29:28
xueer小雯
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7樓2014-03-28 20:14:49
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在mdp文件設置的時候一般都是用的umbrella。恕水平有限不能將傘形抽樣解釋的很清楚，拙見如下，歡迎高手指正。 傘形取樣是為了克服你模擬時間太短而導致的取樣不足而生的，它能服務于計算PMF。模擬基本都在ns級，現(xiàn)在好像到了ms級，但是相對于真實反應還是太短，這么短時間，模擬無法完全取樣所有過程（特別是高能量狀態(tài)，能壘障礙太多啊）。傘形取樣就是把反應坐標分成若干個window，然后分別計算window的概率分別，最后wham出PMF。PMF這東西，拉伸文章里到是很常用，但是你不用也無妨，除非審稿人非要你補這數(shù)據(jù).... |
10樓2014-03-31 19:08:02
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