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xueer小雯金蟲 (初入文壇)
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[求助]
請(qǐng)教gromacs蛋白與小分子相互作用分析 已有3人參與
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是這樣的，我先做了蛋白與小分子的平衡，而后將小分子從蛋白的活性口袋中拉伸出來。 現(xiàn)在主要想分析整個(gè)過程中拉力的變化，看看峰值什么的，這個(gè)不知道該用什么命令來執(zhí)行。 然后再分析分析氫鍵作用，這個(gè)我知道用g_bond。 然后還有疏水作用和水橋，不知道這兩個(gè)用哪個(gè)命令可以執(zhí)行。 請(qǐng)教大家，請(qǐng)不吝賜教！ 多謝！ |
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是這樣的，我先做了蛋白與小分子的平衡，而后將小分子從蛋白的活性口袋中拉伸出來。 現(xiàn)在主要想分析整個(gè)過程中拉力的變化，看看峰值什么的， 這個(gè)可以算 PMF 然后再分析分析氫鍵作用，這個(gè)我知道用g_bond ,貌似不是g_bond， 是g_hbond |
2樓2014-03-26 21:03:04
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3樓2014-03-26 21:57:42
xulinan
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| 樓上說的都是很常用的，如果你是新手只想簡(jiǎn)單的看力和相互作用能量變化的話建議使用g_traj提取力文件，g_energy提取相互作用能量，g_hbond分析氫鍵，g_saltbr分析鹽橋；PMF可以用g_wham，疏水作用和水橋好像是不能直接分析的，需要借助其他軟件，水橋你要是用g_hbond自己計(jì)算就麻煩了。當(dāng)然你還可以輔助一些比如距離g_dist等分析峰值，有些文章是用力、距離和能量共同確定峰值的。 |
4樓2014-03-27 03:29:28
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6樓2014-03-28 15:26:07
xulinan
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不好意思，更正一下，g_traj不適合用作拉伸力的提前，他提出來的多是和坐標(biāo)相關(guān)的。拉伸用到的力是隨時(shí)間變化的那種，你打開你的文件夾，查找有沒有一個(gè)pullf的文件，在你設(shè)置pulling的時(shí)候，這個(gè)文件是默認(rèn)輸出的，如果沒有，那么你用mdrun -rerun -pf提前下，rerun的速度回很快 |
7樓2014-03-28 20:14:49
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在mdp文件設(shè)置的時(shí)候一般都是用的umbrella。恕水平有限不能將傘形抽樣解釋的很清楚，拙見如下，歡迎高手指正。 傘形取樣是為了克服你模擬時(shí)間太短而導(dǎo)致的取樣不足而生的，它能服務(wù)于計(jì)算PMF。模擬基本都在ns級(jí)，現(xiàn)在好像到了ms級(jí)，但是相對(duì)于真實(shí)反應(yīng)還是太短，這么短時(shí)間，模擬無法完全取樣所有過程（特別是高能量狀態(tài)，能壘障礙太多啊）。傘形取樣就是把反應(yīng)坐標(biāo)分成若干個(gè)window，然后分別計(jì)算window的概率分別，最后wham出PMF。PMF這東西，拉伸文章里到是很常用，但是你不用也無妨，除非審稿人非要你補(bǔ)這數(shù)據(jù).... |
10樓2014-03-31 19:08:02
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