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lyfxie8607木蟲 (著名寫手)
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[求助]
amber跑受體配體復(fù)合物遇到問題
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已經(jīng)生成了inpcrd和prmtop文件，但是跑md后發(fā)現(xiàn)整個(gè)蛋白的鍵全斷了，要么很長(zhǎng)，如圖 我的流程是這樣的 蛋白周圍加了水，加了離子 1.先做了minimize，沒有固定蛋白。 參數(shù)文件min1.in Initial minimisation of sustiva-RT complex （從網(wǎng)上的amber教程下載的不知道這一行的sustiva-RT complex有影響沒有） &cntrl imin=1, maxcyc=2000, ncyc=100, cut=12, ntb=1, &end 2.再做平衡，升溫從0K到300K。參數(shù)文件 eq.in Initial MD equilibration &cntrl imin=0, irest=0, nstlim=1000,dt=0.001, ntc=1, ntpr=20, ntwx=20, cut=12, ntb=1, ntt=3, gamma_ln=1.0, tempi=0.0, temp0=300.0, &end 生成的mdcrd文件查看一下就這樣了，起始的結(jié)合還是沒問題的，剛跑一步就亂了。 是我的操作流程有問題嗎？還是參數(shù)設(shè)置的問題？ 最近剛學(xué)的amber，之前用NAMD似乎沒有這么多步驟，請(qǐng)各位幫幫忙。 gabaa_e.jpg |
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2樓2013-03-08 21:30:18
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