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心蕊rxr木蟲 (小有名氣)
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[求助]
小女子比較菜，希望各位大俠詳細描述，在此先謝過！
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各位大俠，請教cif中各類錯誤應(yīng)該如何修改，小女子比較菜，希望各位大俠詳細描述，在此先謝過啊，多謝多謝！ PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 5.7 Ratio PLAT213_ALERT_2_C Atom C18 has ADP max/min Ratio ..... 3.9 prola PLAT222_ALERT_3_C Large Non-Solvent H Uiso(max)/Uiso(min) .. 6.5 Ratio PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF: EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang. |
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心蕊rxr
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lijunjie84: 回帖置頂 2013-03-11 18:17:13
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哇，大俠回答的太詳細了，第一個錯誤我按您給的指令錯誤還沒有消除，后來我逐漸減小數(shù)值，變?yōu)閟imu 0.003 0.003 $C之后錯誤沒有了，同時第二、第三個錯誤也消失了，不過又出現(xiàn)了另一個錯誤PLAT342_ALERT_3_C Low Bond Precision on C-C Bonds ............... 0.0084 Ang ，是因為我把值改的太小了嗎，可是不該笑還是會有錯誤；還有PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF: EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang. 這個錯誤要是消除有沒有消除的辦法呢？希望大俠您再次應(yīng)助，感激不盡！  |
4樓2013-03-11 09:55:04
ifent
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lijunjie84: 回帖置頂 2013-03-11 18:17:28
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心蕊rxr: 金幣+1 2013-03-11 20:21:39
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simu 是限制指令，在精修過程中，限制指令要盡量少的用。 你只需要對熱振動比較大的原子進行限制，而不必將所有碳原子進行限制。 也就是說如果C1代表熱振動過大的原子，C2代表與C1相連的熱振動較小的原子，可以輸入指令： simu C1 C2 精修幾輪應(yīng)該就可以了。 |
7樓2013-03-11 16:41:00
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lijunjie84: 金幣+1, 辛苦了！ 2013-03-11 18:16:59
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lijunjie84: 金幣+1, 辛苦了！ 2013-03-11 18:16:59
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我試著回答你的這些問題。首先你的這些結(jié)構(gòu)問題都不算嚴重，如果不是投結(jié)構(gòu)類的期刊應(yīng)該沒有什么問題。 PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 5.7 Ratio 可以嘗試使用指令：simu 0.02 0.02 $C (前一個0.02 數(shù)值可以小幅改變，你自己嘗試來做。后一個0.02 是誤差，不需要改動。) PLAT213_ALERT_2_C Atom C18 has ADP max/min Ratio ..... 3.9 prola 可以嘗試使用指令：isor 0.01 C18 (0.01可以變化到0.001，根據(jù)需要來進行改變。 ) PLAT222_ALERT_3_C Large Non-Solvent H Uiso(max)/Uiso(min) .. 6.5 Ratio 如果是配位水上頭的氫原子出現(xiàn)問題，請把ins文件中的H原子后面的熱參數(shù)修改為-1.20000然后在精修。 PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF: EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang. 這個表明相鄰的EU2 -- EU2比較短，實際上是正常的，不需要理會。你可以查一下這方面的文獻，如果有發(fā)現(xiàn)稀土離子之間的距離在3.93 Ang就說明這個結(jié)果是正確的。當然即使沒有相關(guān)的報道，你的這個結(jié)構(gòu)中EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang也不錯誤。 回答到此，拋磚引玉，其他的高手可能有更好的方法請指教。 |
2樓2013-03-10 21:41:44
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3樓2013-03-10 22:15:15
心蕊rxr
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8樓2013-03-11 17:18:16
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心蕊rxr: 金幣+4 2013-03-11 20:22:27
心蕊rxr: 金幣+4 2013-03-11 20:22:27
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你的這2個C類問題已經(jīng)不是錯誤了，你把它們看得太嚴重了。 PLAT342_ALERT_3_C Low Bond Precision on C-C Bonds ............... 0.0084 Ang PLAT774_ALERT_1_C Suspect X-Y Bond in CIF: EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang 請看checkcif上關(guān)于C類問題的注解：ALERT level C = Check. Ensure it is not caused by an omission or oversight 其實許多C類問題僅僅是提出一些事實，引起你注意一下，讓你檢查一下是否有疏忽或者筆誤，如果你沒有疏忽或者筆誤，就不需要修改它們，很正常。投稿時候編輯是不會問你這2個問題的。我是研究稀土的，知道EU2 -- EU2 .. 3.93 Ang是會發(fā)生的，不是錯誤。 |
9樓2013-03-11 19:47:52
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10樓2013-03-11 20:21:01
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