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zhongyunxia新蟲 (小有名氣)
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[求助]
pdb2gmx生成top出錯(cuò)，請(qǐng)高手相助
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| 如題，我用pdb2gmx生成top，總出現(xiàn)Atom C1 in residue CNT 1 was not found in rtp entry CNT with 799 atoms while sorting atoms .我的pdb總共有800個(gè)原子，也檢查了pdb結(jié)構(gòu)，沒問題，請(qǐng)高手相助，下面是我的pdb文件和rtp文件，用的opls力場(chǎng)，請(qǐng)大家指教，實(shí)在解決不了了！ |
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- 附件 2 : 8x8.rtp
2013-03-15 20:06:00, 53.13 K
2013-03-15 20:06:12, 33.58 K
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qianxiong
銅蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhongyunxia: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝，已經(jīng)解決了，不是rtp文件額原因，pdb文件格式不對(duì) 2013-03-17 10:20:44
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhongyunxia: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝，已經(jīng)解決了，不是rtp文件額原因，pdb文件格式不對(duì) 2013-03-17 10:20:44
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你這是碳納米管， 你用的力場(chǎng)top 文件又沒有關(guān)于它的定義（聯(lián)接關(guān)系，原子類型，力場(chǎng)參數(shù)等），肯定無法生成top.你可以用g_x2top 生成，不過需要修改 你要用到力場(chǎng) .ff 文件夾中.n2t的文件。 具體操作找網(wǎng)絡(luò)上有相關(guān)的帖子。 keywords: “g_x2top 石墨烯” 就能找到 |
2樓2013-03-16 14:17:46
qianxiong
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3樓2013-03-16 14:22:08
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