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welles.fong鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
打開由AMBER創(chuàng)建的pdb文件出現(xiàn)問題
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各位大神，小弟之前看一篇文章講AMBER模擬的。小弟比較感興趣，就想拿個由AMBER創(chuàng)建出來的pdb文件來玩玩。但將那些supporting information入邊提供的坐標值貼到記事本，存成pdb文件后再打開卻發(fā)現(xiàn)打不開。用PDBViewer、Sybyl和AMBER都打不開。 小弟以為是對得不齊整，就用tab鍵將那些坐標值全部對齊再開，一樣打不開。將當中“RC”改成“C”也無效。 一番努力依舊無果，于是向各位大神求助。急，謝！ 原文：The Nuclear Magnetic Resonance of CCCC RNA Reveals a Right-Handed Helix, and Revised Parameters for AMBER Force Field Torsions Improve Structural Predictions from Molecular Dynamics, Biochemistry, 2013, 52 (6), pp 996–1010, DOI: 10.1021/bi3010347 附上此文supporting info及我復制到記事本后存的pdb文件供大家參考。 |
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- 附件 2 : rC4.pdb
2013-03-17 21:55:42, 7.31 M
2013-03-17 21:55:54, 4.74 K
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2樓2013-03-17 22:46:36
welles.fong
鐵蟲 (初入文壇)
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3樓2013-03-18 08:40:08
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5樓2013-03-18 12:37:39
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6樓2013-03-18 12:37:46
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ben_ladeng: 金幣+1, 等待樓主評分后，有版主會考查并授予EPI的。謝謝理解 2013-04-03 12:04:29
zh1987hs: 金幣+5, 模擬EPI+1, 鼓勵交流~ 2013-04-08 20:26:12
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zh1987hs: 金幣+5, 模擬EPI+1, 鼓勵交流~ 2013-04-08 20:26:12
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Amber模擬之后想得到PDB文件， 如果能得到模擬用的prmtop文件，和模擬生成的restart文件，用下面的命令就可以得到標準的PDB格式文件了。 ambpdb -p system.prmtop < output.rst > output.pdb 你復制粘貼的話，對齊不好就會出錯了，這個你要弄明白PDB格式的意義。 Record Format COLUMNS DATA TYPE FIELD DEFINITION ------------------------------------------------------------------------------------- 1 - 6 Record name "ATOM " 7 - 11 Integer serial Atom serial number. 13 - 16 Atom name Atom name. 17 Character altLoc Alternate location indicator. 18 - 20 Residue name resName Residue name. 22 Character chainID Chain identifier. 23 - 26 Integer resSeq Residue sequence number. 27 AChar iCode Code for insertion of residues. 31 - 38 Real(8.3) x Orthogonal coordinates for X in Angstroms. 39 - 46 Real(8.3) y Orthogonal coordinates for Y in Angstroms. 47 - 54 Real(8.3) z Orthogonal coordinates for Z in Angstroms. 55 - 60 Real(6.2) occupancy Occupancy. 61 - 66 Real(6.2) tempFactor Temperature factor. 77 - 78 LString(2) element Element symbol, right-justified. 79 - 80 LString(2) charge Charge on the atom. 詳細內容參考這里http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html#ATOM |
7樓2013-04-02 15:58:04
8樓2013-04-06 15:46:49
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