huangpu2009

5樓: Originally posted by huangpu2009 at 2013-03-22 21:44:07
有個(gè)程序，叫xdat2xyz.pl，可以提取出來(lái)，生成的是.xyz文件，有什么方法可以找出能量最小的那個(gè)結(jié)構(gòu)嗎？要一個(gè)一個(gè)對(duì)比么。。。...

可以寫(xiě)個(gè)腳本吧。直接讀出沒(méi)個(gè)構(gòu)型的能量值，做出曲線。然后，找到能量最低的構(gòu)型對(duì)應(yīng)的分子動(dòng)力學(xué)模擬的步數(shù)。在返回VAMD ，查看其對(duì)應(yīng) 的構(gòu)型吧。

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6樓2013-03-23 12:09:51

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huangpu2009

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引用回帖:

6樓: Originally posted by vasp001 at 2013-03-23 12:09:51
可以寫(xiě)個(gè)腳本吧。直接讀出沒(méi)個(gè)構(gòu)型的能量值，做出曲線。然后，找到能量最低的構(gòu)型對(duì)應(yīng)的分子動(dòng)力學(xué)模擬的步數(shù)。在返回VAMD ，查看其對(duì)應(yīng) 的構(gòu)型吧。...

好像確實(shí)可以，把每個(gè)能量值提出出來(lái)比較大小，再把最小的那個(gè) 能量值后面的N行坐標(biāo)數(shù)據(jù)導(dǎo)出來(lái)。
額。。。不咋會(huì)用Fortran。。。

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7樓2013-03-23 14:02:23

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vasp001

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★
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引用回帖:

7樓: Originally posted by huangpu2009 at 2013-03-23 14:02:23
好像確實(shí)可以，把每個(gè)能量值提出出來(lái)比較大小，再把最小的那個(gè) 能量值后面的N行坐標(biāo)數(shù)據(jù)導(dǎo)出來(lái)。
額。。。不咋會(huì)用Fortran。。。...

使用 grep ，建議百度一下 grep 啊。

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8樓2013-03-23 19:50:47

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huangpu2009

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8樓: Originally posted by vasp001 at 2013-03-23 19:50:47
使用 grep ，建議百度一下 grep 啊。...

謝謝，明白了。

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9樓2013-03-24 09:41:54

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