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jamesxue新蟲 (初入文壇)
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[求助]
NAMD復(fù)合物分子動力學(xué)菜鳥求助~~~~！！！
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請教各位大俠！ 小弟正在學(xué)習(xí)NAMD做復(fù)合物分子動力學(xué)，水球和水盒子結(jié)果如下，請大俠指導(dǎo)~！ 水球結(jié)果如下: TCL: Running for 2500 steps ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1202! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 480! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 763! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 471! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. 水盒子結(jié)果如下:MINIMIZER SLOWLY MOVING 20075 ATOMS WITH BAD CONTACTS DOWNHILL 聽了幾個大牛建議，把受體斷的地方修補了loop，conf中加入了margin=3，但還是跑散了，不知各位大俠有何建議？小弟跪謝��！ [ Last edited by jiaoyixiong on 2013-3-27 at 08:48 ] |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jamesxue: 金幣+30, ★★★很有幫助, 謝謝jiaoyixiong版主建議和提醒！我今晚就試試，到時再回帖請教前輩行嗎？辛苦前輩了！~\\(≧▽≦)/~ 2013-03-27 16:21:30
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jamesxue: 金幣+30, ★★★很有幫助, 謝謝jiaoyixiong版主建議和提醒！我今晚就試試，到時再回帖請教前輩行嗎？辛苦前輩了！~\\(≧▽≦)/~ 2013-03-27 16:21:30
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1、你的時間不長是多少？先該小一些試試； 2、是不是用了rigid bond ？ 取消試試唄 3、有沒有先進行能量最小化呢？建立好了模型，先進行能量最小化，然后 NVT 系宗下平衡模擬一小段時間，如果需要調(diào)節(jié)壓強的話，再 NPT 系宗下調(diào)節(jié)，完了之后，再繼續(xù) NVT 系宗平衡。這樣模擬體系才達(dá)到比較好的平衡狀態(tài)。 PS 以后小木蟲發(fā)帖不要出現(xiàn) “跪求”等字眼兒，貌似不允許的 |
2樓2013-03-27 08:48:15
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