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lyfxie8607木蟲 (著名寫手)
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[求助]
300金幣再開一帖，歡迎了解的朋友賜教
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本人已經(jīng)發(fā)過一個有關(guān)ABF模擬的帖子，在此首先感謝蟲友yuxiaolin，本人受益匪淺。 但還有新的疑問，請各位了解的朋友不吝賜教，歡迎指正。 原帖內(nèi)容如下： 所用軟件：NAMD 模擬方法：ABF simulation 模擬對象：離子通道（膜蛋白） 單離子穿越通道模擬PMF(Potential means of force) 問題：投文章，審稿人給的意見如下 It is particularly striking that the PMF is asymmetric (different end point values between cytosolic and extracellular sides although - under periodic boundary conditions - the final ion activities are identical). This hints at a massive hysteresis or nonergodicity problem that needs to be clarified and remedied. 大概意思是生成的PMF曲線不對稱。一般情況下PMF給出的數(shù)據(jù)曲線為對稱的（說對稱也不是很準確，應(yīng)該是曲線的起點和終點的數(shù)值應(yīng)該相近，紅圈標出的位置應(yīng)該都在0附近，如圖一）。而我做的兩條曲線（紅線和藍線）的起點和終點的差距比較大，如圖二中的紅圈部分所示。審稿人提示說是hysteresis（磁滯）或nonergodicity（非遍歷性）的問題。 新的疑問: 個人理解的，覺得可能是這個原因?qū)е碌腜MF起始端和末端不一致。 審稿人認為曲線兩端應(yīng)該是“對稱”的，因為我設(shè)置了周期邊界條件（periodic boundary conditions），所以可以認為離子在其穿越方向是連續(xù)跨膜，既超出周期邊界的話離子會回到其原點，所以曲線兩端是一致的。 可是我仔細查看了體系和模擬的條件發(fā)現(xiàn)個問題，模擬的離子在z軸方向跨通道的距離（82 Å）遠小于設(shè)置的周期邊界z軸的距離（130 Å），所以離子不可能超出周期邊界，而使曲線兩端的值一致。因為沒有達到是離子相當于回到原點的條件，所以PMF不是對稱的（如圖三）。我是自己這樣理解的，但是怕審稿人是這方面的“專家”，說錯了反而傷到自己。 請問各位蟲友，這個觀點是否站得住腳？ 集中的焦點在于周期邊界條件，因為ABF模擬會給離子在z軸方向施加一個力，如果z軸的周期邊界很大是不是就不算是連續(xù)跨通道模型了呢？ 示意圖.jpg |
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2樓2013-04-05 12:23:59
yuxiaolin
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lyfxie8607: 金幣+150, ★★★很有幫助 2013-04-06 09:36:18
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圖形很說明問題。起始端和終止端的環(huán)境不等價，即使是加上周期性邊界條件。 PMF應(yīng)該是不對稱的。否則，能量曲線在兩端也應(yīng)該是對稱的。 G=E-TS+PV 你應(yīng)該是做NPT模擬，在起始端和終端，S 和 V變化應(yīng)該很小。 所以兩端的自由能差deltaG～deltaE 從你的結(jié)果上看，G和Econsistent。 |
3樓2013-04-06 04:22:42
wlalnut
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
睛朗
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7樓2013-04-06 09:37:37
8樓2017-03-01 20:07:07
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