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lyfxie8607木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
300金幣再開(kāi)一帖，歡迎了解的朋友賜教
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本人已經(jīng)發(fā)過(guò)一個(gè)有關(guān)ABF模擬的帖子，在此首先感謝蟲(chóng)友yuxiaolin，本人受益匪淺。 但還有新的疑問(wèn)，請(qǐng)各位了解的朋友不吝賜教，歡迎指正。 原帖內(nèi)容如下： 所用軟件：NAMD 模擬方法：ABF simulation 模擬對(duì)象：離子通道（膜蛋白） 單離子穿越通道模擬PMF(Potential means of force) 問(wèn)題：投文章，審稿人給的意見(jiàn)如下 It is particularly striking that the PMF is asymmetric (different end point values between cytosolic and extracellular sides although - under periodic boundary conditions - the final ion activities are identical). This hints at a massive hysteresis or nonergodicity problem that needs to be clarified and remedied. 大概意思是生成的PMF曲線不對(duì)稱。一般情況下PMF給出的數(shù)據(jù)曲線為對(duì)稱的（說(shuō)對(duì)稱也不是很準(zhǔn)確，應(yīng)該是曲線的起點(diǎn)和終點(diǎn)的數(shù)值應(yīng)該相近，紅圈標(biāo)出的位置應(yīng)該都在0附近，如圖一）。而我做的兩條曲線（紅線和藍(lán)線）的起點(diǎn)和終點(diǎn)的差距比較大，如圖二中的紅圈部分所示。審稿人提示說(shuō)是hysteresis（磁滯）或nonergodicity（非遍歷性）的問(wèn)題。 新的疑問(wèn): 個(gè)人理解的，覺(jué)得可能是這個(gè)原因?qū)е碌腜MF起始端和末端不一致。 審稿人認(rèn)為曲線兩端應(yīng)該是“對(duì)稱”的，因?yàn)槲以O(shè)置了周期邊界條件（periodic boundary conditions），所以可以認(rèn)為離子在其穿越方向是連續(xù)跨膜，既超出周期邊界的話離子會(huì)回到其原點(diǎn)，所以曲線兩端是一致的。 可是我仔細(xì)查看了體系和模擬的條件發(fā)現(xiàn)個(gè)問(wèn)題，模擬的離子在z軸方向跨通道的距離（82 Å）遠(yuǎn)小于設(shè)置的周期邊界z軸的距離（130 Å），所以離子不可能超出周期邊界，而使曲線兩端的值一致。因?yàn)闆](méi)有達(dá)到是離子相當(dāng)于回到原點(diǎn)的條件，所以PMF不是對(duì)稱的（如圖三）。我是自己這樣理解的，但是怕審稿人是這方面的“專家”，說(shuō)錯(cuò)了反而傷到自己。 請(qǐng)問(wèn)各位蟲(chóng)友，這個(gè)觀點(diǎn)是否站得住腳？ 集中的焦點(diǎn)在于周期邊界條件，因?yàn)锳BF模擬會(huì)給離子在z軸方向施加一個(gè)力，如果z軸的周期邊界很大是不是就不算是連續(xù)跨通道模型了呢？ 示意圖.jpg |
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chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2013-04-06 09:02:50
lyfxie8607: 金幣+150, ★★★很有幫助 2013-04-06 09:36:18
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圖形很說(shuō)明問(wèn)題。起始端和終止端的環(huán)境不等價(jià)，即使是加上周期性邊界條件。 PMF應(yīng)該是不對(duì)稱的。否則，能量曲線在兩端也應(yīng)該是對(duì)稱的。 G=E-TS+PV 你應(yīng)該是做NPT模擬，在起始端和終端，S 和 V變化應(yīng)該很小。 所以兩端的自由能差deltaG～deltaE 從你的結(jié)果上看，G和Econsistent。 |
3樓2013-04-06 04:22:42
lyfxie8607
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7樓2013-04-06 09:37:37
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