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huangk1199木蟲 (正式寫手)
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[求助]
Blast 細(xì)菌比對各種疑問，求解
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我研究的蚯蚓方向，微生物方向新手，第一次測序后，Blast比對，現(xiàn)有以下不解，求解答。 1、測序樣本在blast中比對，有一半的樣本同源性低于90%，并且有三個樣本直接無法鑒定，blast出現(xiàn)error，why？ 2、為什么NCBI和DDBJ中的比對結(jié)果差異巨大？ 3、對于有些樣本，一個基因序列在blast比對后有十幾個菌種的同源性均為100%，請問如何篩選出最佳的匹配菌種？ 散金幣.... |
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taoqi1986918
銅蟲 (小有名氣)
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3樓2013-04-06 09:43:02
huangk1199
木蟲 (正式寫手)
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2樓2013-04-06 08:36:05
【答案】應(yīng)助回帖
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huangk1199: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-04-08 10:17:35
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huangk1199: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-04-08 10:17:35
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第一問：如果你的測序結(jié)果正確可信的話（看看峰圖），你很可能發(fā)現(xiàn)新種了，不然就是你的測序結(jié)果有問題，blast出現(xiàn)error沒遇到過。 第二問：沒用過DDBJ，不亂說。 第三問：這十幾個種都屬于同一個屬嗎？如果都屬于，16或18S的分辨率就只能這樣了，結(jié)合形態(tài)學(xué)、生理生化試驗或設(shè)計特異引物進(jìn)一步鑒定；如果不屬于，建議重新設(shè)計引物以提高特異性。 |
4樓2013-04-07 09:58:43
lmhzy1987
金蟲 (正式寫手)
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5樓2013-04-07 16:55:06
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