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mailchensu鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
細(xì)菌鑒定--blast后一定要再到Genbank中檢索才能確定什么菌，得到accession number嗎？
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| 篩出的細(xì)菌進(jìn)行16s rDNA 測(cè)序后，進(jìn)行了blast比對(duì)后，該菌的query coverage 和 Max identity與檢索到的一個(gè)菌都是100%，這樣可以推斷就是檢索到的那個(gè)菌嗎（可以用blast里的accession number 作為我篩到菌的號(hào)碼不）？還是不管blast檢索到什么結(jié)果，都必須到Genbank檢索一下呢，才能得到我篩到菌的accession number 。不管它是已發(fā)現(xiàn)的菌還是新菌也好，我的目的是想得到我篩的菌的accession number ，因?yàn)榘l(fā)表文章的時(shí)候會(huì)要用到這個(gè)號(hào)碼。我不是作為生物方面的，請(qǐng)這方面的專家?guī)臀抑笇?dǎo)一下吧，謝謝！ |
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2樓2011-08-31 14:16:41
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3樓2011-08-31 20:06:57
★ ★ ★
scelab(金幣+3): 鼓勵(lì)新蟲，謝謝交流哦~ 2011-08-31 23:29:27
scelab(金幣+3): 鼓勵(lì)新蟲，謝謝交流哦~ 2011-08-31 23:29:27
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篩出的細(xì)菌進(jìn)行16s rDNA 測(cè)序后，進(jìn)行了blast比對(duì)后，該菌的query coverage 和 Max identity與檢索到的一個(gè)菌都是100%，這樣可以推斷就是檢索到的那個(gè)菌嗎？ 答：不一定，NCBI有點(diǎn)像論壇的BBS，誰(shuí)都可以提交序列。你最好還應(yīng)該跟模式菌株的參考序列進(jìn)行比對(duì)，模式菌株的序列詳見網(wǎng)站，http://www.bacterio.cict.fr/。 另，就是100%相似，也不能完確認(rèn)就一定是同一個(gè)種，因?yàn)?6S 是非常保守的，部分種之間的16S 相似度高達(dá)100%. |
4樓2011-08-31 21:41:59
jemmy505210
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