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mailchensu鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
細菌鑒定--blast后一定要再到Genbank中檢索才能確定什么菌，得到accession number嗎？
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| 篩出的細菌進行16s rDNA 測序后，進行了blast比對后，該菌的query coverage 和 Max identity與檢索到的一個菌都是100%，這樣可以推斷就是檢索到的那個菌嗎（可以用blast里的accession number 作為我篩到菌的號碼不）？還是不管blast檢索到什么結(jié)果，都必須到Genbank檢索一下呢，才能得到我篩到菌的accession number 。不管它是已發(fā)現(xiàn)的菌還是新菌也好，我的目的是想得到我篩的菌的accession number ，因為發(fā)表文章的時候會要用到這個號碼。我不是作為生物方面的，請這方面的專家?guī)臀抑笇?dǎo)一下吧，謝謝！ |
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koala2007
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3樓2011-08-31 20:06:57
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scelab(金幣+3): 鼓勵新蟲，謝謝交流哦~ 2011-08-31 23:29:27
scelab(金幣+3): 鼓勵新蟲，謝謝交流哦~ 2011-08-31 23:29:27
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篩出的細菌進行16s rDNA 測序后，進行了blast比對后，該菌的query coverage 和 Max identity與檢索到的一個菌都是100%，這樣可以推斷就是檢索到的那個菌嗎？ 答：不一定，NCBI有點像論壇的BBS，誰都可以提交序列。你最好還應(yīng)該跟模式菌株的參考序列進行比對，模式菌株的序列詳見網(wǎng)站，http://www.bacterio.cict.fr/。 另，就是100%相似，也不能完確認就一定是同一個種，因為16S 是非常保守的，部分種之間的16S 相似度高達100%. |
4樓2011-08-31 21:41:59
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