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高興丶鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
在用autodock做對接準(zhǔn)備完大分子的時候writePDB的時候彈錯
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如圖 今天在學(xué)習(xí)使用autodock 小分子準(zhǔn)備完畢 導(dǎo)入蛋白質(zhì)分子 在sybyl中加的H，然后在autodock中 沒法選中水分子 沒法刪 我就跳過了這步 直接write PDB時出現(xiàn)錯誤了。請教為何？ 總麻煩大家真不好意思，，。， 未命名.jpg 因為里面有小分子 我就把它刪除了 因為成了共價鍵 用autodock補(bǔ)氫加不上去 于是拿到sybyl中加了H 再拿回來就無法在Select From String這步中選中HOH*也就刪不掉水分子 于是我跳了過去 直接保存 于是彈出了如圖錯誤。。 [ Last edited by 高興丶 on 2013-4-8 at 14:26 ] |
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2樓2013-04-08 22:39:31
可以考慮用pymol處理蛋白大分子，包括刪除水分子，晶體結(jié)構(gòu)中的配體結(jié)構(gòu)，刪除多余的蛋白亞基。。。 3樓2013-04-13 09:40:45
sduzqk
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4樓2017-08-25 00:55:41
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