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高興丶鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
在用autodock做對(duì)接準(zhǔn)備完大分子的時(shí)候writePDB的時(shí)候彈錯(cuò)
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如圖 今天在學(xué)習(xí)使用autodock 小分子準(zhǔn)備完畢 導(dǎo)入蛋白質(zhì)分子 在sybyl中加的H，然后在autodock中 沒(méi)法選中水分子 沒(méi)法刪 我就跳過(guò)了這步 直接write PDB時(shí)出現(xiàn)錯(cuò)誤了。請(qǐng)教為何？ 總麻煩大家真不好意思，，。， 未命名.jpg 因?yàn)槔锩嬗行》肿?我就把它刪除了 因?yàn)槌闪斯矁r(jià)鍵 用autodock補(bǔ)氫加不上去 于是拿到sybyl中加了H 再拿回來(lái)就無(wú)法在Select From String這步中選中HOH*也就刪不掉水分子 于是我跳了過(guò)去 直接保存 于是彈出了如圖錯(cuò)誤。。 [ Last edited by 高興丶 on 2013-4-8 at 14:26 ] |
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可以考慮用pymol處理蛋白大分子，包括刪除水分子，晶體結(jié)構(gòu)中的配體結(jié)構(gòu)，刪除多余的蛋白亞基。。。 
3樓2013-04-13 09:40:45
2樓2013-04-08 22:39:31
sduzqk
銀蟲(chóng) (初入文壇)
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4樓2017-08-25 00:55:41
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