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mojie1987銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
amber的tleap出錯(cuò)
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有一個(gè)小配體是GLP，tleap之后，出錯(cuò)啦。。 Done adding ions. > savepdb MODEL model.pdb Writing pdb file: model.pdb Converting N-terminal residue name to PDB format: NGLY -> GLY Converting C-terminal residue name to PDB format: CGLU -> GLU > saveamberparm MODEL model.prmtop model.inpcrd Checking Unit. WARNING: There is a bond of 3.201702 angstroms between: ------- .R WARNING: There is a bond of 4.241588 angstroms between: ------- .R FATAL: Atom .R FATAL: Atom .R does not have a type. |
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 amber |
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2樓2013-04-10 07:23:08
wangyan10
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
mojie1987: 金幣+3, ★★★★★最佳答案, 那個(gè)帖子很好哈。。。已經(jīng)解決啦。。謝謝啦。。。 2013-04-10 19:27:07
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mojie1987: 金幣+3, ★★★★★最佳答案, 那個(gè)帖子很好哈。。。已經(jīng)解決啦。。謝謝啦。。。 2013-04-10 19:27:07
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你這個(gè)用tleap處理的蛋白里面有amber力場(chǎng)不識(shí)別的原子類(lèi)型�？梢詤⒖碼mber的手冊(cè)進(jìn)行操作。 http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/ 另外，如果用amber自帶的量化計(jì)算模塊不能給出正確的計(jì)算結(jié)果，可以結(jié)合使用gaussian。論壇里面有amber+gaussian構(gòu)建小分子力場(chǎng)的方法，可以參看一下。 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985 |
3樓2013-04-10 08:13:21
yaozhq
金蟲(chóng) (小有名氣)
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4樓2013-04-10 10:04:40
5樓2013-04-10 11:15:44
mojie1987
銅蟲(chóng) (小有名氣)
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6樓2013-04-10 19:28:06
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