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AMBER MMPBSA 計(jì)算時(shí)建立prmtop文件問(wèn)題
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急求幫忙 問(wèn)題一： 我用tleap建立prmtop文件時(shí)，檢查電荷如下： ligand： Total unperturbed charge: 0.002000 Total perturbed charge: 0.002000 protein： Total unperturbed charge: -20.000000 Total perturbed charge: -20.000000 因此，將ligand和protein combine之后的complex電荷為： Total unperturbed charge: -19.998000 Total perturbed charge: -19.998000 這樣，我用addions給complex加Na+中和，tleap只加19個(gè)Na+，為什么？ 問(wèn)題二： 其他體系覺(jué)得prmtop文件建立沒(méi)有問(wèn)題，但是MMPBSA計(jì)算還是出錯(cuò)，過(guò)程如下： Reading command-line arguments and input files... Loading and checking parameter files for compatibility... mmpbsa_py_energy found! Using /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy cpptraj found! Using /home/user/amber12/bin/cpptraj Preparing trajectories for simulation... 51 frames were processed by cpptraj for use in calculation. Beginning PB calculations with /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy calculating complex contribution... CalcError: /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop complex.prmtop! Exiting. All files have been retained. 這是什么原因呢？還是prmtop文件建立的不對(duì)？ |
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2樓2012-09-05 10:13:10
bluewhale
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2012-09-23 22:28:34
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2012-09-23 22:28:34
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第一個(gè)問(wèn)題： tleap就是這樣，只舍不入。 你在家一個(gè) addions Na+ 1 就好了 第二個(gè)問(wèn)題： 我覺(jué)得是你的prmtop文件建立的有問(wèn)題 你用complex的prmtop（沒(méi)有水的），用ptraj處理一段去掉水的軌跡，比如算個(gè)rmsd什么的，看看你這個(gè)prmtop是不是好的，或者用vmd載入這個(gè)拓?fù)�，打開(kāi)一段去掉水的軌跡 |
4樓2012-09-23 22:15:42
zhaochuanfan
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5樓2017-03-14 16:49:36
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6樓2017-05-01 07:11:53
大姚
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7樓2018-07-06 09:48:00
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