 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2826 | 回復(fù): 6 | ||
[求助]
AMBER MMPBSA 計(jì)算時(shí)建立prmtop文件問題
|
急求幫忙 問題一： 我用tleap建立prmtop文件時(shí)，檢查電荷如下： ligand： Total unperturbed charge: 0.002000 Total perturbed charge: 0.002000 protein： Total unperturbed charge: -20.000000 Total perturbed charge: -20.000000 因此，將ligand和protein combine之后的complex電荷為： Total unperturbed charge: -19.998000 Total perturbed charge: -19.998000 這樣，我用addions給complex加Na+中和，tleap只加19個(gè)Na+，為什么？ 問題二： 其他體系覺得prmtop文件建立沒有問題，但是MMPBSA計(jì)算還是出錯(cuò)，過程如下： Reading command-line arguments and input files... Loading and checking parameter files for compatibility... mmpbsa_py_energy found! Using /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy cpptraj found! Using /home/user/amber12/bin/cpptraj Preparing trajectories for simulation... 51 frames were processed by cpptraj for use in calculation. Beginning PB calculations with /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy calculating complex contribution... CalcError: /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop complex.prmtop! Exiting. All files have been retained. 這是什么原因呢？還是prmtop文件建立的不對(duì)？ |
回復(fù)此樓» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
zhaochuanfan» 猜你喜歡
一志愿大連理工大學(xué)材料求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料與化工調(diào)劑一志愿大連海事085600，349
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿中海洋320化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
311求調(diào)劑一志愿合肥工業(yè)大學(xué)
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿食品科學(xué)與工程083200求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿北化085600材料專碩275|有文章專利｜求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
一志愿 南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
2樓2012-09-05 10:13:10
bluewhale
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 58 (初中生)
- 金幣: 8438.3
- 散金: 50
- 紅花: 10
- 帖子: 890
- 在線: 362.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 278289
- 注冊(cè): 2006-09-10
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
3樓2012-09-23 10:01:16
lujunyan1118
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 1306.9
- 帖子: 73
- 在線: 20.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 871655
- 注冊(cè): 2009-10-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
4樓2012-09-23 22:15:42
zhaochuanfan
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 4295.8
- 散金: 1110
- 紅花: 17
- 帖子: 765
- 在線: 267.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1235025
- 注冊(cè): 2011-03-16
- 專業(yè): 應(yīng)用有機(jī)化學(xué)
5樓2017-03-14 16:49:36
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
6樓2017-05-01 07:11:53
大姚
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1303.5
- 帖子: 265
- 在線: 159.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 2066031
- 注冊(cè): 2012-10-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
7樓2018-07-06 09:48:00
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 頑靈 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +5 | AZMK 2026-03-30 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +4 | 邱gl 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 英一數(shù)一408，總分284，二戰(zhàn)真誠求調(diào)劑 +3 | 12.27 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
[考研] 277跪求調(diào)劑 +8 | 1915668 2026-03-27 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)321分求調(diào)劑 +10 | 三dd. 2026-03-30 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 材料專碩 085600求調(diào)劑 +7 | BBQ233 2026-03-30 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +8 | 嗯滴的基本都 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 310求調(diào)劑 +10 | 爭取九點(diǎn)睡 2026-03-30 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +7 | DLkz1314. 2026-03-30 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +5 | Sanmu-124 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求化學(xué)調(diào)劑 +11 | wulanna 2026-03-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 一志愿雙一流機(jī)械285分求調(diào)劑 +4 | 幸運(yùn)的三木 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +6 | 愛羈絆 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 2026年華南師范大學(xué)歡迎化學(xué)，化工，生物，生醫(yī)工等專業(yè)優(yōu)秀學(xué)子加入！ +3 | llss0711 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +4 | 種圣賜 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +5 | 愛羈絆 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +8 | 邱gl 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +4 | 求求了收下我吧?/a> 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +4 | lim0922 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 網(wǎng)絡(luò)空間安全0839招調(diào)劑 +4 | w320357296 2026-03-25 | 6/300 |
|