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關(guān)于靜電勢的一些設(shè)想，大家集思廣益
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看了sobereva大神關(guān)于靜電勢的文章，又喚醒了我以前的一個設(shè)想，分析分子表面的靜電分布來預(yù)測反應(yīng)活性位點，從而幫助分子合成和副反應(yīng)的研究，曾經(jīng)初學(xué)高斯，結(jié)果算的電荷分布和理論上差距挺大（苯酚），于是就暫時放棄了，用了很多非量化的軟件，如ds，sybyl，那電荷算的一看就放棄了�，F(xiàn)在研究中又有個設(shè)想，藥物分子的活性在滿足空間的條件下，主要與氫鍵有關(guān)，進(jìn)一步與形成氫鍵上的原子的靜電勢有關(guān)。不知道能否通過較準(zhǔn)確的計算來驗證設(shè)想，請各位指導(dǎo)一下。 還有一個問題，共價鍵是如何形成的呢？書上都說是碰撞形成的，舉個例子:一個含羰基的小分子（比如說是醛）如何與氨基酸的羥基形成共價鍵而不僅僅是氫鍵。假設(shè)先有靜電相互作用，形成距離在3埃左右的氫鍵，如何才能進(jìn)一步形成共價鍵?也就是說一個實驗得到的共價結(jié)合的復(fù)合物分子（比如說形成半縮醛），如何能通過計算說明它能形成共價鍵而不僅僅是依靠其它的氫鍵作用. [ Last edited by liaibo on 2013-4-15 at 02:01 ] |
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liaibo2樓2013-04-15 09:04:07
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【答案】應(yīng)助回帖
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liaibo: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝回復(fù)，我回去試試的 2013-04-20 12:16:13
liaibo: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝回復(fù)，我回去試試的 2013-04-20 12:16:13
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算電荷，推薦李家波（DS的工程師）開發(fā)的改進(jìn)CM1方法�？焖儆行�。 或者AMBER里的RESP方法，準(zhǔn)確還原靜電勢。 華師大季長歌副教授也開發(fā)了一套電荷，歡迎使用。 Developing polarized protein-specific charges for protein dynamics: MD free energy calculation of pKa shifts for Asp26/Asp20 in thioredoxin. Biophysical Journal 08/2008; 95(3):1080-8. DOI:10.1529/biophysj.108.131110 |
7樓2013-04-20 08:19:29
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