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關(guān)于靜電勢(shì)的一些設(shè)想，大家集思廣益
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看了sobereva大神關(guān)于靜電勢(shì)的文章，又喚醒了我以前的一個(gè)設(shè)想，分析分子表面的靜電分布來(lái)預(yù)測(cè)反應(yīng)活性位點(diǎn)，從而幫助分子合成和副反應(yīng)的研究，曾經(jīng)初學(xué)高斯，結(jié)果算的電荷分布和理論上差距挺大（苯酚），于是就暫時(shí)放棄了，用了很多非量化的軟件，如ds，sybyl，那電荷算的一看就放棄了。現(xiàn)在研究中又有個(gè)設(shè)想，藥物分子的活性在滿足空間的條件下，主要與氫鍵有關(guān)，進(jìn)一步與形成氫鍵上的原子的靜電勢(shì)有關(guān)。不知道能否通過(guò)較準(zhǔn)確的計(jì)算來(lái)驗(yàn)證設(shè)想，請(qǐng)各位指導(dǎo)一下。 還有一個(gè)問(wèn)題，共價(jià)鍵是如何形成的呢？書上都說(shuō)是碰撞形成的，舉個(gè)例子:一個(gè)含羰基的小分子（比如說(shuō)是醛）如何與氨基酸的羥基形成共價(jià)鍵而不僅僅是氫鍵。假設(shè)先有靜電相互作用，形成距離在3埃左右的氫鍵，如何才能進(jìn)一步形成共價(jià)鍵?也就是說(shuō)一個(gè)實(shí)驗(yàn)得到的共價(jià)結(jié)合的復(fù)合物分子（比如說(shuō)形成半縮醛），如何能通過(guò)計(jì)算說(shuō)明它能形成共價(jià)鍵而不僅僅是依靠其它的氫鍵作用. [ Last edited by liaibo on 2013-4-15 at 02:01 ] |
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 藥物設(shè)計(jì)資料 |
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zhou2009
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liaibo2樓2013-04-15 09:04:07
3樓2013-04-15 10:20:43
zhou2009
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【答案】應(yīng)助回帖
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liaibo: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝回復(fù) 2013-04-15 13:29:16
liaibo: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝回復(fù) 2013-04-15 13:29:16
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計(jì)算是用高斯還是multiwfn軟件： 對(duì)于較小分子，由高斯算wfn，然后在multiwfn中做靜電勢(shì)，multiwfn中做靜電勢(shì)比較準(zhǔn)確。 對(duì)于較大分子，由高斯直接算靜電勢(shì)得cube文件，速度會(huì)快一些，cube文件讀入multiwfn進(jìn)一步處理，如做盆積分。 |
4樓2013-04-15 11:27:16
agent99
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5樓2013-04-17 14:43:42
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6樓2013-04-19 13:49:58
yongleli
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【答案】應(yīng)助回帖
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liaibo: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝回復(fù)，我回去試試的 2013-04-20 12:16:13
liaibo: 金幣+10, ★有幫助, 謝謝回復(fù)，我回去試試的 2013-04-20 12:16:13
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算電荷，推薦李家波（DS的工程師）開發(fā)的改進(jìn)CM1方法�？焖儆行А� 或者AMBER里的RESP方法，準(zhǔn)確還原靜電勢(shì)。 華師大季長(zhǎng)歌副教授也開發(fā)了一套電荷，歡迎使用。 Developing polarized protein-specific charges for protein dynamics: MD free energy calculation of pKa shifts for Asp26/Asp20 in thioredoxin. Biophysical Journal 08/2008; 95(3):1080-8. DOI:10.1529/biophysj.108.131110 |
7樓2013-04-20 08:19:29
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