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emanlee木蟲(chóng) (小有名氣)
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fastq format 格式代表什么意思
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我查閱了RNA-Seq fastq format 格式的文章（包括Wiki），都沒(méi)有介紹以下第一行中的這種格式的文獻(xiàn)， 請(qǐng)問(wèn)，其中的第一行中的1代表什么意思（以下從NCBI sra下載）？ @SRR064346.723 612W1AAXX_4:1:1348:3264 length=76 GCAAGATGTACACGAGCGACAAGCTGCACTGTGAACCCGGGCACTCCGTGCCGTCGCCACCGGCCCGCG GGTCTCT +SRR064346.723 612W1AAXX_4:1:1348:3264 length=76 BBB>BBBBABB@BBAB>@?B<@@@>BB9BB;;?  B@B>>@BBB9BBB<@BB@BA@BB?BB;>B@B>@A3*1;7;B |
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wizardfan
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| 感覺(jué)612W1AAXX_4的4應(yīng)該單獨(dú)看的，屬于flowcell lane,1是number within flowcell lane，參看http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format，或者你少給了一個(gè)位置 |
4樓2013-04-19 07:48:23
wizardfan
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6樓2013-04-20 08:27:54
gaoyang636
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wizardfan: 金幣+2, 應(yīng)助指數(shù)-1, 謝謝參與，說(shuō)得有道理，但是沒(méi)有針對(duì)問(wèn)題回答 2013-04-19 07:49:29
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標(biāo)粗的地方么？應(yīng)該是該reads的名稱，你也提到這是從SRA下的數(shù)據(jù)了，一般都是高通量測(cè)序的raw reads。 這種reads名稱一般都是測(cè)序的時(shí)候機(jī)器自動(dòng)命名的，比如按照磁珠的坐標(biāo)值什么的。沒(méi)啥意義，不需要額外關(guān)注。 |
2樓2013-04-18 15:31:20
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3樓2013-04-18 22:31:37
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5樓2013-04-19 15:06:29
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