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nana05016木蟲 (小有名氣)
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[求助]
請教一下，怎樣在復(fù)合物pdb里提取研究對象的pdb結(jié)構(gòu)？
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| 近日在尋找來自釀酒酵母（面包酵母）的Protease A inhibitor 3蛋白的pdb結(jié)構(gòu)，無奈找到的都是很大的復(fù)合物，本來這個蛋白也就68個殘基，不過pdb庫里的都是很大的復(fù)合物結(jié)構(gòu)，有三四百個殘基吧。如果用Rasmol的話應(yīng)該怎么操作呢，如果有其他方法當(dāng)然更好。還請各位大神們指點下，小女子不勝感激， |
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nana05016
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4樓2013-04-26 17:04:34
【答案】應(yīng)助回帖
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ben_ladeng: 金幣+2, 謝謝指導(dǎo) 2013-04-26 21:32:28
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用VMD 很容易選擇， 比如 你要選擇的殘基的 resid 從100到150，就可以直接使用命令 set sel [atomselect top "resid >99 and resid<151"] $sel writepdb ok.pdb 如果你知道其他 的選擇方法，就可以直接寫在atomselect top " " 的括號內(nèi)，也可以選擇出來 |
2樓2013-04-26 16:53:42
fhh2626
木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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如果不想用VMD可以直接用記事本（editplus一類的更好）打開PDB文件 簡單來說PDB結(jié)構(gòu)是這樣的 ATOM 1 C1 DOD 1 -13.483 3.801 -19.390 1.00 0.00 D1 ATOM 2 C2 DOD 1 -12.664 5.164 -19.448 1.00 0.00 D1 ATOM 3 C3 DOD 1 -12.442 5.571 -18.055 1.00 0.00 D1 ATOM 4 C4 DOD 1 -11.604 6.807 -17.871 1.00 0.00 D1 ATOM 5 C5 DOD 1 -11.035 6.923 -16.453 1.00 0.00 D1 其中第二列是原子序數(shù)，第三列是原子名稱，第四列是resname，第五列是resid，最后一列是segname 我不做蛋白質(zhì)，不大清楚蛋白質(zhì)殘基是靠resname還是segname分類的。。�？傊阏业侥阆胍哪遣糠謴�(fù)制粘貼為另一個pdb就行了，當(dāng)然這樣做原子序數(shù)可能不對，不過用VMD或者其他軟件另存為pdb一次就好了 |
3樓2013-04-26 17:02:32
nana05016
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5樓2013-04-26 17:15:38
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