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tanzouqing新蟲 (小有名氣)
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[求助]
VMD中如何將兩個pdb文件合成一個新的pdb文件?
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VMD中如何將兩個pdb文件合成一個新的pdb文件? 例如: 若temp-1.pdb和temp-2.pdb,我想把這兩個文件合成temp.pdb文件,手動和console命令流如何操作?謝謝 |
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8樓2012-08-29 15:16:54
2樓2012-08-28 08:27:38
tanzouqing
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3樓2012-08-28 18:50:50
4樓2012-08-28 19:56:55
tanzouqing
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版主,您好,如何修改segname? 歸納下步驟: step 1.生成temp-2.dpb和temp-2.psf mol new temp-1.pdb;mol addfile temp-1.psf set allsel [atomselect top all] $allsel writepdb temp-2.pdb;$allsel wirtepsf temp-2.psf step 2.修改 temp-2.pdb 和temp-2.psf 的segname 這步不知如何修改?煩請幫忙 step 3.文件合并 package require psfgen;resetpsf readpsf temp-1.psf;coordpdb temp-1.pdb readpsf temp-2.psf;coordpdb temp-2.pdb writepsf temp.psf;writepdb temp.pd |
5樓2012-08-29 11:21:42
6樓2012-08-29 14:27:25
tanzouqing
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以上方法無法得到正確的psf文件!!! #代碼begin mol new temp-1.pdb ;mol addfile temp-1.psf set allsel [atomselect top all] $allsel moveby {0 0 10} $allsel set segname new $allsel writepdb temp-2.pdb ;$allsel writepsf temp-2.psf #代碼end 結(jié)果對比: temp-1.psf的部分內(nèi)容 1904 !NATOM 1 ADNA 1 ADE H5T HN5 0.430000 1.0080 0 2 ADNA 1 ADE O5' ON5 -0.660000 15.9994 0 3 ADNA 1 ADE C5' CN8 0.050000 12.0110 0 temp-2.psf的部分內(nèi)容,與前面不搭配. 477 !NATOM 1 new 2 DC O5' O5' 0.000000 15.9994 0 2 new 2 DC C5' C5' 0.000000 12.0107 0 3 new 2 DC C4' C4' 0.000000 12.0107 0 且后面的鍵長,鍵角,二面角都為0 . |
7樓2012-08-29 15:00:26
tanzouqing
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9樓2012-08-29 15:36:58
tanzouqing10樓2012-08-29 15:44:46
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