 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1687 | 回復(fù): 6 | ||
liqianjun木蟲 (小有名氣)
|
[求助]
pdb文件，top文件
|
|
|
請問如何將Givew中導(dǎo)處的pdb格式轉(zhuǎn)化為NAMD的pdb格式？或者有沒有這樣的資料可供參考，看了NAMD的turorial，VMD tutorial，但還是不會弄 還有alpha羥基丙酸的topology file，大家有嗎？自己寫的話，我弄不懂里面的原子類型、impro如何寫。 謝謝，謝謝。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
環(huán)境領(lǐng)域全國重點實驗室招收博士1-2名
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
26博士申請
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
311求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
被我言中：新模板不強調(diào)格式了，假專家開始管格式了
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- gmx不認小分子PDB殘基怎么辦？？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】產(chǎn)生psf文件時出現(xiàn)的Missing atoms for conformation definition
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】水總?cè)ゲ坏簦堉更c（已解決，謝謝各位幫助）
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯阿，這個怎么辦呢？謝謝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】無法生成環(huán)糊精的psf文件
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb時候出現(xiàn)的錯誤
已經(jīng)有30人回復(fù)
- 【求助】求一個gromacs的中文教程，包括安裝的部分，小弟新手，從零學(xué)起
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【專家會診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道
已經(jīng)有50人回復(fù)
- 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】只是優(yōu)化后文件，沒有restart文件，能繼續(xù)跑嗎
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD
已經(jīng)有210人回復(fù)
liqianjun
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1579
- 散金: 9
- 帖子: 246
- 在線: 125.4小時
- 蟲號: 665681
- 注冊: 2008-12-01
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
3樓2011-12-07 16:20:38
chaizhm
木蟲 (著名寫手)
- 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 123 (高中生)
- 貴賓: 0.25
- 金幣: 4777.4
- 散金: 139
- 紅花: 13
- 帖子: 1440
- 在線: 267.2小時
- 蟲號: 1253209
- 注冊: 2011-04-02
- 性別: GG
- 專業(yè): 半導(dǎo)體材料
2樓2011-12-05 15:43:18
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金幣+2): 謝謝，原來看了點topology tutorial,不過沒有會融會貫通靈活運用，你介紹的這個網(wǎng)頁感覺很有用，但還未理解消化，稍后再向你請教 2011-12-08 22:22:03
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金幣+2): 謝謝，原來看了點topology tutorial,不過沒有會融會貫通靈活運用，你介紹的這個網(wǎng)頁感覺很有用，但還未理解消化，稍后再向你請教 2011-12-08 22:22:03
|
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ix-html/node22.html 仔細看看這個，看完之后你也許就能所有發(fā)現(xiàn)。 |
4樓2011-12-08 19:40:09
liqianjun
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1579
- 散金: 9
- 帖子: 246
- 在線: 125.4小時
- 蟲號: 665681
- 注冊: 2008-12-01
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
|
看了相關(guān)知識，還是一頭霧水，請大家接著指教啊 我想把丙氨酸改為alpha氰基丙酸，這是我嘗試做的，目前萬里長征走了半步都沒有啊，很多的不明白， 下面是我改了一部分的丙氨酸 RESI LACTIC 0.00 GROUP ATOM OD OH1 -0.47 ! ATOM HD H 0.31 ! HD-OD ATOM CA CT1 0.07 ! | HB1 ATOM HA HB 0.09 ! | / GROUP ! HA-CA--CB-HB2 ATOM CB CT3 -0.27 ! | \ ATOM HB1 HA 0.09 ! | HB3 ATOM HB2 HA 0.09 ! O=C ATOM HB3 HA 0.09 ! | GROUP ! OE-HE ATOM C C 0.51 ATOM O O -0.51 ATOM OE OH1 -0.47 ! ATOM HE H 0.31 ! BOND CB CA OD HD OD CA BOND C CA C OE OE HE CA HA CB HB1 CB HB2 CB HB3 DOUBLE O C IMPR C O OE CA DONOR OD HD OE HE ACCEPTOR O C 兩個羥基氧也能接受呀 IC -C CA *N HN 1.3551 126.4900 180.0000 115.4200 0.9996 IC -C N CA C 1.3551 126.4900 180.0000 114.4400 1.5390 IC N CA C +N 1.4592 114.4400 180.0000 116.8400 1.3558 IC +N CA *C O 1.3558 116.8400 180.0000 122.5200 1.2297 IC CA C OE +CA 1.5390 116.8400 180.0000 126.7700 1.4613IC OD C *CA CB 1.4592 114.4400 123.2300 111.0900 1.5461 IC OD C *CA HA 1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900 1.0840IC C CA CB HB1 1.5390 111.0900 177.2500 109.6000 1.1109 IC HB1 CA *CB HB2 1.1109 109.6000 119.1300 111.0500 1.1119 IC HB1 CA *CB HB3 1.1109 109.6000 -119.5800 111.6100 1.1114 紅色的字體是我目前改動了的，電荷，鍵長都還沒有改動，現(xiàn)在是想繼續(xù)改IC但是，還是沒有明白拓撲中的這一部分 When specifying the connectivity of a chain of residues in a protein, it is necessary to refer to atoms in the previous or succeeding residue. The CHARMM topology file declares those atom types that will be referenced in adjoining residues as such: DECL -CA DECL -C DECL -O DECL +N DECL +HN DECL +CA 怎么黃色的部分有兩個CA啊，還有個正號，正負號不是氨基和羧基接的另外的氨基酸的羧基和氨基的意思嗎？ 請大家多多幫忙啊，而且請見諒，我不知道我的帖子發(fā)表了是否很亂，真的是不常在網(wǎng)上說話，為了學(xué)習namd，這一切都得嘗試著來，謝謝 |
5樓2011-12-09 12:10:49
liqianjun
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1579
- 散金: 9
- 帖子: 246
- 在線: 125.4小時
- 蟲號: 665681
- 注冊: 2008-12-01
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
6樓2011-12-09 12:12:06
29050801
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1065.5
- 散金: 6
- 紅花: 1
- 帖子: 163
- 在線: 78.4小時
- 蟲號: 1765116
- 注冊: 2012-04-19
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物化學(xué)
7樓2013-10-03 16:07:37
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 liqianjun 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +9 | 冬十三 2026-03-15 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 085601專碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限 +4 | share_joy 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +5 | 慕寒mio 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 341求調(diào)劑 +5 | 搗蛋豬豬 2026-03-11 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +6 | 步川酷紫123 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0854控制工程 359求調(diào)劑 可跨專業(yè) +3 | 626776879 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +6 | ytter 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +6 | 拾光任染 2026-03-15 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] ［0860］321分求調(diào)劑，ab區(qū)皆可 +4 | 寶貴熱 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工301求調(diào)劑 +5 | 奕束光 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +7 | 綠豆芹菜湯 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求b區(qū)學(xué)校調(diào)劑 +3 | 周56 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 310求調(diào)劑 +3 | 【上上簽】 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級已過 本科山東雙非 求調(diào)劑！ +3 | 不想理你 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | ADT 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 26讀博 +4 | Rui135246 2026-03-12 | 10/500 |
|