 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 31 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3632 | 回復: 30 | |||
[交流]
【求助】做NAMD的1K4C.pdb時候出現(xiàn)的錯誤
|
|||
我已經(jīng)按照membrane proteins tutorial做出了KCSA.pdb文件，但是在實行tcl語句：foreach S{A B C D}{set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]$seg writepdb seg$S.pdb $seg delete的時候，卻出現(xiàn)了：can't read "S": no such variable |
回復此樓» 猜你喜歡
291 求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學-求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復
-
一志愿南京理工大學085701資源與環(huán)境302分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
316求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
材料與化工考研調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
一志愿重慶大學085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
一志愿211 初試270分 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
08工學調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復
-
350求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
求調(diào)劑一志愿武漢理工大學材料工程（085601）
已經(jīng)有4人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 提基因組的時候做第一次PCR效果很好，但是直接以PCR產(chǎn)物做第二次PCR的模版后...
已經(jīng)有14人回復
- 大家一般用PET28a做蛋白表達的時候用哪幾個酶酶切
已經(jīng)有5人回復
- AutoCAD新手常犯的十二個錯誤
已經(jīng)有16人回復
- gambit打開出現(xiàn)錯誤，自己跳出進度框，不知道怎么解決
已經(jīng)有3人回復
- 晶體有很多A類和B類的錯誤，能投非晶體的文章嗎
已經(jīng)有10人回復
- 怎樣解決FLUENT received fatal signal (ACCESS_VIOLATION)的錯誤？
已經(jīng)有20人回復
- 如何改這個B錯誤？
已經(jīng)有10人回復
- Perl 生物信息學編程求助，運行出現(xiàn)問題，煩請幫忙查找一下錯誤，謝謝！
已經(jīng)有3人回復
- 新手安裝gaussian03，詳細步驟及出現(xiàn)錯誤。
已經(jīng)有23人回復
- 求助！win7下運行vc6.0時出現(xiàn)msdev錯誤怎么辦？？？
已經(jīng)有1人回復
- 【求助】弱問：怎樣才能移植MS的PDB文件到NAMD中
已經(jīng)有4人回復
- 傾情奉獻：［投稿英文期刊］中國人常犯的錯誤
已經(jīng)有50人回復
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
坐標上海，誠征女友，非常 著急，私信必回
+1/461
-
溫柔善良，重慶女孩，找男友……好像是亂碼，內(nèi)容在40樓看查看
+2/394
-
招收化學，材料，環(huán)境，化工等專業(yè)基礎的同學攻讀碩士研究生
+1/88
-
材料、化學類碩士研究生調(diào)劑機會，學碩專碩均可，有意請聯(lián)系，非誠勿擾！
+1/84
-
溫州大學呂晶晶課題組2026年招生
+1/75
-
湘潭大學化工學院國家級人才團隊2026年博士研究生招生
+1/58
-
西安某大學能源化工新材料研發(fā)項目組接收2026級調(diào)劑研究生-計算機類
+1/32
-
招收2026年材料與化工專碩調(diào)劑，山東省屬重點大學，過國家線即可調(diào)劑，名額充足
+2/32
-
招收熒光探針/有機合成/生物學 博士后--薪金: 30萬-50萬
+1/32
-
湖北工業(yè)大學 生命科學與健康學院 課題組招收2026級食品/生物方向碩士
+1/28
-
---大齡的未婚男找結(jié)婚女對象
+1/14
-
西南某211招27屆博士
+1/12
-
南開大學陳樹琪教授研究團隊招收2026級超構(gòu)材料方向博士研究生
+1/8
-
南醫(yī)大基礎醫(yī)學院招收調(diào)劑生（2生信1生物））
+1/7
-
寧波東方理工大學余鵬課題組2026年上海交大聯(lián)培博士生、博士后、科研助理招聘
+1/6
-
廣東工業(yè)大學環(huán)境科學與工程學院招收資源與環(huán)境專業(yè)博士研究生
+1/5
-
中國科學院上海硅酸鹽研究所招聘科研助理
+1/5
-
天津工業(yè)大學雙一流高校招博士、碩士、博士后
+1/3
-
大連海事大學船舶潔凈能源研究中心2026年博士研究生招生啟事
+1/2
-
中科院上海微系統(tǒng)所材料生長理論與仿真課題組-博士后招聘（材料計算與AI4S）
+1/1
2樓2010-12-19 19:17:32
3樓2010-12-19 19:33:13
4樓2010-12-19 20:35:47
5樓2010-12-19 21:42:40
6樓2010-12-19 21:47:51
7樓2010-12-19 21:48:28
★
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
|
你可以把所有的輸入寫道一個tc腳本中, 比如名字為11.tcl 然后在11.tcl中寫入： mol delete all mol load pdb KCSA-ALL.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain C and protein"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } 然后在vmd的 Extensions → Tk Console 中直接source 11.tcl即可 當然了，首先你要確保在KCSA-ALL.pdb文件的目錄下面，否則找不到pdb,也是白搭，或者你可以告訴KCSA-ALL.pdb的路徑，總之，要確保KCSA-ALL.pdb能被找到 我建議你先把我給你的11.tcl復制，看行不行，因為你的錯誤確實很像你自己的疏忽所致，呵呵 |
8樓2010-12-20 09:22:43
9樓2010-12-20 10:10:29
10樓2010-12-20 10:31:20
11樓2010-12-20 11:25:12
|
使用source buildpsf.tcl的時候，出現(xiàn)錯誤： reading topology file ../top_all27_prot_lipid.rtf > CHARMM22 All-Hydrogen Topology File for Proteins and Lipids << >>>>>> Includes phi, psi cross term map (CMAP) correction <<<<<< >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> July 2004 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< All comments to ADM jr. via the CHARMM web site: www.charmm.org parameter set discussion forum Created by CHARMM version 31 1 cross-term entries present in topology definitions aliasing residue HIS to HSE aliasing residue ILE atom CD1 to CD aliasing residue HOH atom O to OH2 aliasing residue HOH to TIP3 building segment A reading residues from pdb file segA.pdb unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type K unknown residue type DGA extracted 169 residues from pdb file Info: generating structure... unknown residue type K ERROR: failed on end of segment MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR! Use resetpsf to start over. |
13樓2010-12-20 14:09:43
14樓2010-12-20 14:46:09
15樓2010-12-20 14:51:42
17樓2010-12-20 15:15:51
18樓2010-12-20 15:50:05
19樓2010-12-20 15:53:52
20樓2010-12-20 16:20:51
21樓2010-12-20 16:39:51
22樓2010-12-20 16:42:14
23樓2010-12-20 16:46:06
24樓2010-12-20 19:59:15
25樓2010-12-20 23:06:36
28樓2010-12-21 09:24:35
29樓2010-12-21 09:41:14
30樓2011-01-10 14:15:17
31樓2013-07-21 19:24:47
簡單回復
wjq87070812樓
2010-12-20 12:08
回復
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
zoujin12916樓
2010-12-20 15:09
回復
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
wg42326樓
2010-12-21 09:06
回復
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
小不點點27樓
2010-12-21 09:18
回復
zyj8119(金幣+1):謝謝參與
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 zyj8119 的主題更新
| 31 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 08工學調(diào)劑 +7 | 用戶573181 2026-03-20 | 11/550 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +4 | LHHL66 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 324 +3 | Promise-jyl 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 工科0856求調(diào)劑 +4 | 沐析汀汀 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求老師收我 +3 | zzh16938784 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070300，一志愿北航320求調(diào)劑 +3 | Jerry0216 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 +3 | α____ 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工085600，總分304，本科有兩篇sci參與，求調(diào)劑 +4 | 幸運的醬醬 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考博] 招收博士1-2人 +3 | QGZDSYS 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[基金申請] 山東省面上項目限額評審 +4 | 石瑞0426 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！ +4 | lemonzzn 2026-03-17 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 一志愿東華大學控制學碩320求調(diào)劑
+3
|
Grand777 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求助 +5 | 夢里的無言 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | Mqqqqqq 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學化學工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +12 | yangfz 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學085700資源與環(huán)境專碩，總分308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學 ，070300化學學碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +4 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|