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zyj8119

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[交流] 【求助】做NAMD的1K4C.pdb時(shí)候出現(xiàn)的錯(cuò)誤

我已經(jīng)按照membrane proteins tutorial做出了KCSA.pdb文件，但是在實(shí)行tcl語(yǔ)句：foreach S{A B C D}{set seg [atomselect top "segname $S and chain C"]$seg writepdb seg$S.pdb $seg delete的時(shí)候，卻出現(xiàn)了：can't read "S": no such variable

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1樓 2010-12-19 13:41:46

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sjnyongle

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zyj8119(金幣+1):謝謝參與

你可以把所有的輸入寫(xiě)道一個(gè)tc腳本中, 比如名字為11.tcl
然后在11.tcl中寫(xiě)入：
mol delete all
mol load pdb KCSA-ALL.pdb
foreach S { A B C D } {
set seg [atomselect top "segname $S and chain C and protein"]
$seg writepdb seg$S.pdb
$seg delete
}

然后在vmd的 Extensions → Tk Console 中直接source 11.tcl即可

當(dāng)然了，首先你要確保在KCSA-ALL.pdb文件的目錄下面，否則找不到pdb,也是白搭，或者你可以告訴KCSA-ALL.pdb的路徑，總之，要確保KCSA-ALL.pdb能被找到
我建議你先把我給你的11.tcl復(fù)制，看行不行，因?yàn)槟愕腻e(cuò)誤確實(shí)很像你自己的疏忽所致，呵呵

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8樓2010-12-20 09:22:43

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wally8962

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zh1987hs(金幣+1):謝謝 2010-12-19 23:06:33

"foreach S{A B C D}" 應(yīng)該是“foreach S {A B C D}”

少了個(gè)空格

這個(gè)循環(huán)就是把a(bǔ)bcd分別賦值給變量S

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2樓2010-12-19 19:17:32

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好人一生平安

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zyj8119(金幣+1):謝謝參與

好俊的圖，可惜不懂......

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3樓2010-12-19 19:33:13

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zyj8119

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引用回帖:

Originally posted by wally8962 at 2010-12-19 19:17:32:
"foreach S{A B C D}" 應(yīng)該是“foreach S {A B C D}”

少了個(gè)空格

這個(gè)循環(huán)就是把a(bǔ)bcd分別賦值給變量S

現(xiàn)在卻出現(xiàn)了這個(gè)問(wèn)題：
(VMD) 1 % foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain C"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete }
can't read "seg": no such variable
>Main< (VMD) 2 %

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4樓2010-12-19 20:35:47

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簡(jiǎn)單回復(fù)

wjq87070812樓

2010-12-20 12:08 回復(fù)

zyj8119(金幣+1):謝謝參與

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好人一生平安

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