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liqianjun木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
pdb文件，top文件
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請(qǐng)問(wèn)如何將Givew中導(dǎo)處的pdb格式轉(zhuǎn)化為NAMD的pdb格式？或者有沒(méi)有這樣的資料可供參考，看了NAMD的turorial，VMD tutorial，但還是不會(huì)弄 還有alpha羥基丙酸的topology file，大家有嗎？自己寫(xiě)的話，我弄不懂里面的原子類型、impro如何寫(xiě)。 謝謝，謝謝。 |
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liqianjun
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3樓2011-12-07 16:20:38
chaizhm
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2樓2011-12-05 15:43:18
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金幣+2): 謝謝，原來(lái)看了點(diǎn)topology tutorial,不過(guò)沒(méi)有會(huì)融會(huì)貫通靈活運(yùn)用，你介紹的這個(gè)網(wǎng)頁(yè)感覺(jué)很有用，但還未理解消化，稍后再向你請(qǐng)教 2011-12-08 22:22:03
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金幣+2): 謝謝，原來(lái)看了點(diǎn)topology tutorial,不過(guò)沒(méi)有會(huì)融會(huì)貫通靈活運(yùn)用，你介紹的這個(gè)網(wǎng)頁(yè)感覺(jué)很有用，但還未理解消化，稍后再向你請(qǐng)教 2011-12-08 22:22:03
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http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ix-html/node22.html 仔細(xì)看看這個(gè)，看完之后你也許就能所有發(fā)現(xiàn)。 |
4樓2011-12-08 19:40:09
liqianjun
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看了相關(guān)知識(shí)，還是一頭霧水，請(qǐng)大家接著指教啊 我想把丙氨酸改為alpha氰基丙酸，這是我嘗試做的，目前萬(wàn)里長(zhǎng)征走了半步都沒(méi)有啊，很多的不明白， 下面是我改了一部分的丙氨酸 RESI LACTIC 0.00 GROUP ATOM OD OH1 -0.47 ! ATOM HD H 0.31 ! HD-OD ATOM CA CT1 0.07 ! | HB1 ATOM HA HB 0.09 ! | / GROUP ! HA-CA--CB-HB2 ATOM CB CT3 -0.27 ! | \ ATOM HB1 HA 0.09 ! | HB3 ATOM HB2 HA 0.09 ! O=C ATOM HB3 HA 0.09 ! | GROUP ! OE-HE ATOM C C 0.51 ATOM O O -0.51 ATOM OE OH1 -0.47 ! ATOM HE H 0.31 ! BOND CB CA OD HD OD CA BOND C CA C OE OE HE CA HA CB HB1 CB HB2 CB HB3 DOUBLE O C IMPR C O OE CA DONOR OD HD OE HE ACCEPTOR O C 兩個(gè)羥基氧也能接受呀 IC -C CA *N HN 1.3551 126.4900 180.0000 115.4200 0.9996 IC -C N CA C 1.3551 126.4900 180.0000 114.4400 1.5390 IC N CA C +N 1.4592 114.4400 180.0000 116.8400 1.3558 IC +N CA *C O 1.3558 116.8400 180.0000 122.5200 1.2297 IC CA C OE +CA 1.5390 116.8400 180.0000 126.7700 1.4613IC OD C *CA CB 1.4592 114.4400 123.2300 111.0900 1.5461 IC OD C *CA HA 1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900 1.0840IC C CA CB HB1 1.5390 111.0900 177.2500 109.6000 1.1109 IC HB1 CA *CB HB2 1.1109 109.6000 119.1300 111.0500 1.1119 IC HB1 CA *CB HB3 1.1109 109.6000 -119.5800 111.6100 1.1114 紅色的字體是我目前改動(dòng)了的，電荷，鍵長(zhǎng)都還沒(méi)有改動(dòng)，現(xiàn)在是想繼續(xù)改IC但是，還是沒(méi)有明白拓?fù)渲械倪@一部分 When specifying the connectivity of a chain of residues in a protein, it is necessary to refer to atoms in the previous or succeeding residue. The CHARMM topology file declares those atom types that will be referenced in adjoining residues as such: DECL -CA DECL -C DECL -O DECL +N DECL +HN DECL +CA 怎么黃色的部分有兩個(gè)CA啊，還有個(gè)正號(hào)，正負(fù)號(hào)不是氨基和羧基接的另外的氨基酸的羧基和氨基的意思嗎？ 請(qǐng)大家多多幫忙啊，而且請(qǐng)見(jiàn)諒，我不知道我的帖子發(fā)表了是否很亂，真的是不常在網(wǎng)上說(shuō)話，為了學(xué)習(xí)namd，這一切都得嘗試著來(lái)，謝謝 |
5樓2011-12-09 12:10:49
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