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liqianjun木蟲 (小有名氣)
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[求助]
pdb文件，top文件
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請問如何將Givew中導(dǎo)處的pdb格式轉(zhuǎn)化為NAMD的pdb格式？或者有沒有這樣的資料可供參考，看了NAMD的turorial，VMD tutorial，但還是不會弄 還有alpha羥基丙酸的topology file，大家有嗎？自己寫的話，我弄不懂里面的原子類型、impro如何寫。 謝謝，謝謝。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金幣+2): 謝謝，原來看了點topology tutorial,不過沒有會融會貫通靈活運用，你介紹的這個網(wǎng)頁感覺很有用，但還未理解消化，稍后再向你請教 2011-12-08 22:22:03
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金幣+2): 謝謝，原來看了點topology tutorial,不過沒有會融會貫通靈活運用，你介紹的這個網(wǎng)頁感覺很有用，但還未理解消化，稍后再向你請教 2011-12-08 22:22:03
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http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ix-html/node22.html 仔細看看這個，看完之后你也許就能所有發(fā)現(xiàn)。 |
4樓2011-12-08 19:40:09
chaizhm
木蟲 (著名寫手)
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2樓2011-12-05 15:43:18
liqianjun
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3樓2011-12-07 16:20:38
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看了相關(guān)知識，還是一頭霧水，請大家接著指教啊 我想把丙氨酸改為alpha氰基丙酸，這是我嘗試做的，目前萬里長征走了半步都沒有啊，很多的不明白， 下面是我改了一部分的丙氨酸 RESI LACTIC 0.00 GROUP ATOM OD OH1 -0.47 ! ATOM HD H 0.31 ! HD-OD ATOM CA CT1 0.07 ! | HB1 ATOM HA HB 0.09 ! | / GROUP ! HA-CA--CB-HB2 ATOM CB CT3 -0.27 ! | \ ATOM HB1 HA 0.09 ! | HB3 ATOM HB2 HA 0.09 ! O=C ATOM HB3 HA 0.09 ! | GROUP ! OE-HE ATOM C C 0.51 ATOM O O -0.51 ATOM OE OH1 -0.47 ! ATOM HE H 0.31 ! BOND CB CA OD HD OD CA BOND C CA C OE OE HE CA HA CB HB1 CB HB2 CB HB3 DOUBLE O C IMPR C O OE CA DONOR OD HD OE HE ACCEPTOR O C 兩個羥基氧也能接受呀 IC -C CA *N HN 1.3551 126.4900 180.0000 115.4200 0.9996 IC -C N CA C 1.3551 126.4900 180.0000 114.4400 1.5390 IC N CA C +N 1.4592 114.4400 180.0000 116.8400 1.3558 IC +N CA *C O 1.3558 116.8400 180.0000 122.5200 1.2297 IC CA C OE +CA 1.5390 116.8400 180.0000 126.7700 1.4613IC OD C *CA CB 1.4592 114.4400 123.2300 111.0900 1.5461 IC OD C *CA HA 1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900 1.0840IC C CA CB HB1 1.5390 111.0900 177.2500 109.6000 1.1109 IC HB1 CA *CB HB2 1.1109 109.6000 119.1300 111.0500 1.1119 IC HB1 CA *CB HB3 1.1109 109.6000 -119.5800 111.6100 1.1114 紅色的字體是我目前改動了的，電荷，鍵長都還沒有改動，現(xiàn)在是想繼續(xù)改IC但是，還是沒有明白拓撲中的這一部分 When specifying the connectivity of a chain of residues in a protein, it is necessary to refer to atoms in the previous or succeeding residue. The CHARMM topology file declares those atom types that will be referenced in adjoining residues as such: DECL -CA DECL -C DECL -O DECL +N DECL +HN DECL +CA 怎么黃色的部分有兩個CA啊，還有個正號，正負號不是氨基和羧基接的另外的氨基酸的羧基和氨基的意思嗎？ 請大家多多幫忙啊，而且請見諒，我不知道我的帖子發(fā)表了是否很亂，真的是不常在網(wǎng)上說話，為了學(xué)習(xí)namd，這一切都得嘗試著來，謝謝 |
5樓2011-12-09 12:10:49
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